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- PDB-1x9j: Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-ind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9j
タイトルStructure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes
要素Probable butyrate kinase 2
キーワードTRANSFERASE / ASKHA (ACETATE AND SUGAR KINASES / HSC70 / ACTIN) SUPERFAMILY / BUTYRATE KINASE / ACETATE KINASE / ISOBUTYRATE KINASE / TWO SIMILAR DOMAINS / BUTYRATE / ISOBUTYRATE / ENZYME MECHANISM
機能・相同性
機能・相同性情報


butyrate kinase / butyrate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Butyrate kinase / Acetate and butyrate kinases family signature 2. / Aliphatic acid kinase, short-chain, conserved site / Acetate and butyrate kinases family signature 1. / Aliphatic acid kinase, short-chain / Acetokinase family / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / Probable butyrate kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Diao, J.S. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes
著者: Diao, J.S. / Bhattacharyya, S. / Ma, Y.L.D. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Crystallization of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga Maritima Mediated by Vapour Diffusion of Acetic Acid
著者: Diao, J.S. / Cooper, D.R. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Membership in the Askha Superfamily: Enzymological Properties and Crystal Structure of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga Maritima
著者: Diao, J.S. / Cooper, D.R. / Bhattacharyya, S. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S.
履歴
登録2004年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable butyrate kinase 2
B: Probable butyrate kinase 2
C: Probable butyrate kinase 2
D: Probable butyrate kinase 2
E: Probable butyrate kinase 2
F: Probable butyrate kinase 2
G: Probable butyrate kinase 2
H: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,39423
ポリマ－336,6678
非ポリマー1,72715
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Probable butyrate kinase 2
H: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,3544
ポリマ－84,1672
非ポリマー1872
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28860 Å2
手法PISA
3
B: Probable butyrate kinase 2
C: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,4465
ポリマ－84,1672
非ポリマー2793
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28820 Å2
手法PISA
4
F: Probable butyrate kinase 2
G: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7386
ポリマ－84,1672
非ポリマー5714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8090 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area28760 Å2
手法PISA
5
D: Probable butyrate kinase 2
E: Probable butyrate kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8568
ポリマ－84,1672
非ポリマー6896
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8230 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.680, 193.680, 122.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS IDENTICAL TO THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH IS AN OCTAMER.

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Probable butyrate kinase 2 / BK 2 / BUK2 / Branched-chain carboxylic acid kinase 2


分子量: 42083.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: buk2 / プラスミド: PET30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9X278, butyrate kinase

-
非ポリマー , 5種, 62分子

#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINS 22.5-25 mg/ml BUK2, 25 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM NACl, 5 mM DTT, 10%(w/v) GLYCEROL. THE RESERVOIR SOLUTION IS 1ml of 77 mM PHOSPHATE- ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINS 22.5-25 mg/ml BUK2, 25 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM NACl, 5 mM DTT, 10%(w/v) GLYCEROL. THE RESERVOIR SOLUTION IS 1ml of 77 mM PHOSPHATE-CITRATE AND 55% (w/v) PEG 200, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月27日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→100 Å / Num. all: 88518 / Num. obs: 88350 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 7233 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SAZ

1saz


解像度: 3→91.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3022342.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ISOROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 8832 10 %RANDOM
Rwork0.261 ---
all-88518 --
obs-88350 97 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0944 Å2 / ksol: 0.346204 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 55.2 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→91.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23460 0 108 47 23615
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.68
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.351.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.62
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.612.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 705 9.8 %
Rwork0.373 6453 -
obs-6452 79 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2GOL_XPLOR_PAR.TXTGOL_XPLOR_TOP.TXT
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIT_PAR.TXTCIT_TOP.TXT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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