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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x9j | ||||||
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タイトル | Structure of butyrate kinase 2 reveals both open- and citrate-induced closed conformations: implications for substrate-induced fit conformational changes | ||||||
要素 | Probable butyrate kinase 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ASKHA (ACETATE AND SUGAR KINASES / HSC70 / ACTIN) SUPERFAMILY / BUTYRATE KINASE / ACETATE KINASE / ISOBUTYRATE KINASE / TWO SIMILAR DOMAINS / BUTYRATE / ISOBUTYRATE / ENZYME MECHANISM | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 butyrate kinase / butyrate kinase activity / acetate kinase activity / acetate metabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Diao, J.S. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of butyrate kinase 2 reveals both open and closed conformations of the two domains: implications for substrate-induced changes 著者: Diao, J.S. / Bhattacharyya, S. / Ma, Y.L.D. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003 タイトル: Crystallization of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga Maritima Mediated by Vapour Diffusion of Acetic Acid 著者: Diao, J.S. / Cooper, D.R. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S. #2: ジャーナル: To be Published タイトル: Membership in the Askha Superfamily: Enzymological Properties and Crystal Structure of Butyrate Kinase 2 from Thermotoga Maritima 著者: Diao, J.S. / Cooper, D.R. / Bhattacharyya, S. / Sanders, D.A. / Hasson, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x9j.cif.gz | 570.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x9j.ent.gz | 475.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x9j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1x9j_validation.pdf.gz | 512.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1x9j_full_validation.pdf.gz | 606.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1x9j_validation.xml.gz | 72.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1x9j_validation.cif.gz | 102.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x9j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/1x9j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE BIOLOGICAL UNIT IS IDENTICAL TO THE ASYMMETRIC UNIT, WHICH IS AN OCTAMER. |
-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 42083.355 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: buk2 / プラスミド: PET30A(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9X278, butyrate kinase |
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-非ポリマー , 5種, 62分子
#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-CIT / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % |
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結晶化 | 温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINS 22.5-25 mg/ml BUK2, 25 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM NACl, 5 mM DTT, 10%(w/v) GLYCEROL. THE RESERVOIR SOLUTION IS 1ml of 77 mM PHOSPHATE- ...詳細: CRYSTALLIZATION CONDITIONS: THE PROTEIN SOLUTION CONTAINS 22.5-25 mg/ml BUK2, 25 mM TRIS-HCl pH 8.5, 400 mM NACl, 5 mM DTT, 10%(w/v) GLYCEROL. THE RESERVOIR SOLUTION IS 1ml of 77 mM PHOSPHATE-CITRATE AND 55% (w/v) PEG 200, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年4月27日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→100 Å / Num. all: 88518 / Num. obs: 88350 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 14.2 % / Biso Wilson estimate: 68.8 Å2 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 5.6 % / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 7233 / Rsym value: 0.359 / % possible all: 80.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1SAZ 解像度: 3→91.48 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 3022342.25 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: ISOROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.0944 Å2 / ksol: 0.346204 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→91.48 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINTS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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