[日本語] English
万見
- PDB-1x9b: Solution NMR Structure of Protein Ta0354 from Thermoplasma acidop... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9b
タイトルSolution NMR Structure of Protein Ta0354 from Thermoplasma acidophilum. Ontario Center for Structural Proteomics target TA0354_69_121; Northeast Structural Genomics Consortium Target TaT38.
要素hypothetical membrane protein ta0354_69_121
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha protein / protein structure initiative / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Center for Structural Proteomics / OCSP
機能・相同性Uncharacterised membrane protein Ta0354, soluble domain / Ta0354, soluble domain superfamily / Protein of unknown function (DUF3198) / Hypothetical membrane protein ta0354_69_121. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha / membrane / Hypothetical membrane protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma acidophilum (好酸性)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Wu, B. / Yee, A. / Huang, Y.J. / Ramelot, T.A. / Semesi, A. / Lemak, A. / Edward, A. / Kennedy, M. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. ...Wu, B. / Yee, A. / Huang, Y.J. / Ramelot, T.A. / Semesi, A. / Lemak, A. / Edward, A. / Kennedy, M. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Ontario Centre for Structural Proteomics (OCSP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of hypothetical membrane protein ta0354_69_121 from Thermoplasma acidophilum
著者: Wu, B. / Yee, A. / Huang, Y.J. / Ramelot, T.A. / Semesi, A. / Lemak, A. / Edward, A. / Kennedy, M. / Montelione, G.T. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _audit_author.name
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical membrane protein ta0354_69_121


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2051
ポリマ－6,2051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 56structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical membrane protein ta0354_69_121


分子量: 6205.197 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 69-212 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / プラスミド: PET15B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9HL76

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1314D 13C-separated NOESY
141HNHA

-
試料調製

詳細内容: 1 mM ta0354, U-15N,13C; 450 mM NaCl, 25 mM Na2PO4, 1 mM Benzamidine, 1xinhibitor cooktail, 0.01% NaN3, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 450 mM NaCl, 25 mM Phosphate buffer / pH: 6.5 / 圧: ambinet / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.1Delaglio,F.解析
AutoStructure2Huang,Y.J. and Montelione, G.T.構造決定
CNS1Brunger, A.T. et al.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 1131 NOE-derived distance constraints and 142 torsion angle constraints
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 56 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る