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万見
- PDB-1x8z: Crystal structure of a pectin methylesterase inhibitor from Arabi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8z
タイトルCrystal structure of a pectin methylesterase inhibitor from Arabidopsis thaliana
要素invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein
キーワードPROTEIN BINDING / four-helix bundle / alpha hairpin / disulfide bridge
機能・相同性
機能・相同性情報


pectinesterase inhibitor activity / pollen tube tip / pollen tube growth / apoplast
類似検索 - 分子機能
Pectinesterase inhibitor, plant / : / Invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein / Pectinesterase inhibitor domain / Invertase/pectin methylesterase inhibitor domain superfamily / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pectinesterase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Hothorn, M. / Wolf, S. / Aloy, P. / Greiner, S. / Scheffzek, K.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2004
タイトル: Structural insights into the target specificity of plant invertase and pectin methylesterase inhibitory proteins
著者: Hothorn, M. / Wolf, S. / Aloy, P. / Greiner, S. / Scheffzek, K.
履歴
登録2004年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein
B: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein
C: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3343
ポリマ－49,3343
非ポリマー00
水39622
1
A: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein

A: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8892
ポリマ－32,8892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
2
B: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein
C: invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8892
ポリマ－32,8892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area15130 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area22420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.770, 106.190, 186.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
詳細The biological assembly is a dimer generated from the molecules chain B and C in the asymmetric unit / The biological assembly is a dimer generated from the molecule chain A and its closest symmetry mate

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要素

#1: タンパク質 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein / Pectin Methylesterase Inhibitor


分子量: 16444.725 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 1-149 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
組織: APOPLAST-CELL WALL / 遺伝子: AT1G48020 / プラスミド: pETM 20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): origami (DE3) / 参照: UniProt: Q9LNF2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 10%(v/v) PEG 8000, 0.3M NaCl, 0.1M Na/K Pi, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月10日 / 詳細: Dynamically bendable mirror
放射モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.86→29.06 Å / Num. all: 14136 / Num. obs: 14136 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 16.91
反射 シェル解像度: 2.86→3.04 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.274 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2307 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSVersion Dec. 2003データスケーリング
XDSV. DEC. 2003データ削減
EPMR位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: p(ALA) version of PDB entry 1RJ1

1rj1


解像度: 2.86→29.06 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 705 -RANDOM
Rwork0.218 ---
all0.22 14129 --
obs0.22 13424 98.5 %-
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.47 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.86→29.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3360 0 0 22 3382
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
LS精密化 シェル解像度: 2.86→3.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.032
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 115 -
Rwork0.326 --
obs-2299 98.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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