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- PDB-1x8s: Structure of the Par-6 PDZ domain with a Pals1 internal ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8s
タイトルStructure of the Par-6 PDZ domain with a Pals1 internal ligand
要素
  • CG5884-PA
  • Pals1 peptide
キーワードCELL CYCLE / PAR-6
機能・相同性
機能・相同性情報


RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / establishment of neuroblast polarity / Asymmetric localization of PCP proteins ...RAC1 GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / terminal branching, open tracheal system / establishment or maintenance of neuroblast polarity / branching involved in open tracheal system development / zonula adherens assembly / subapical complex / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / establishment of neuroblast polarity / Asymmetric localization of PCP proteins / RHOU GTPase cycle / muscle cell postsynaptic specialization / establishment or maintenance of polarity of embryonic epithelium / border follicle cell migration / PAR polarity complex / asymmetric neuroblast division / apical cortex / zonula adherens / morphogenesis of a polarized epithelium / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / positive regulation of smoothened signaling pathway / apical protein localization / centrosome cycle / positive regulation of filopodium assembly / protein kinase inhibitor activity / bicellular tight junction / positive regulation of lamellipodium assembly / synapse assembly / terminal bouton / apical part of cell / cell cortex / apical plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...Partitioning defective protein 6, PB1 domain / : / PB1 domain / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Penkert, R.R. / DiVittorio, H.M. / Prehoda, K.E.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Internal recognition through PDZ domain plasticity in the Par-6-Pals1 complex.
著者: Penkert, R.R. / Divittorio, H.M. / Prehoda, K.E.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG5884-PA
B: Pals1 peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3752
ポリマ－12,3752
非ポリマー00
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.122, 63.122, 99.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 CG5884-PA / Par-6


分子量: 10926.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: PAR-6 / プラスミド: pBH4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: GenBank: 18860099, UniProt: O97111*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Pals1 peptide


分子量: 1448.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: solid phase peptide synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.01 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: PEG 6000, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

検出器日付: 2003年8月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→23.9 Å / Num. obs: 5889

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.503→23.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 23.392 / SU ML: 0.208 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.277 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25405 217 4.5 %RANDOM
Rwork0.2156 ---
all0.21712 ---
obs0.21712 4573 94.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.579 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.24 Å22.12 Å20 Å2
2--4.24 Å20 Å2
3----6.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→23.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数804 0 0 5 809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9481.9871101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67131818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3875105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78423.7532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87215145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.752157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2133
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02899
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2140
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1550.2765
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1520.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.216
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0870.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1590.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.2661.5683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0271.5223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2932857
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4013309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.6254.5244
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 11 -
Rwork0.386 220 -
obs--62.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.88-0.3893-0.64736.7299-0.65849.9379-0.06660.3045-0.6551-0.186-0.0048-0.35681.06240.47390.07140.4470.01510.02640.32090.00990.40792.136721.6827-2.9842
226.869517.7887-27.211628.7342-20.007372.0192-0.45180.5409-1.6787-0.1568-1.00310.87271.8-1.5881.45490.443-0.1074-0.19140.4616-0.01350.7047-8.645219.2168-6.869
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA156 - 2533 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2BB32 - 404 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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