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- PDB-1x8m: X-ray structure of pectin degrading enzyme 5-keto 4-deoxyuronate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8m
タイトルX-ray structure of pectin degrading enzyme 5-keto 4-deoxyuronate isomerase from Escherichia coli
要素4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
キーワードISOMERASE / Structural genomics / protein structure initiative / 5-keto 4-deoxyuronate isomerase / NYSGXRC target T1827 / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase / 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase activity / D-galacturonate catabolic process / D-glucuronate catabolic process / glucose-6-phosphate isomerase activity / pectin catabolic process / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
pectin degrading enzyme 5-keto 4- deoxyuronate isomerase, domain 1 / 5-keto 4-deoxyuronate isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase, N-terminal / KduI/IolB isomerase / KduI/IolB family / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of pectin degrading enzyme 5-keto 4-deoxyuronate isomerase from Escherichia coli
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
C: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
D: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
E: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase
F: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,9666
ポリマ－193,9666
非ポリマー00
水00
1
A: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: 4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3281
ポリマ－32,3281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.011, 101.011, 179.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質
4-deoxy-L-threo-5-hexosulose-uronate ketol-isomerase / 5-keto-4-deoxyuronate isomerase / DKI isomerase


分子量: 32327.600 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kduI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q46938, 5-dehydro-4-deoxy-D-glucuronate isomerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium Citrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A11.01
シンクロトロンNSLS X9A21.009158, 1.007846, 0.99172
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年5月15日
MARRESEARCH2CCD2004年5月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.011
21.0091581
31.0078461
40.991721
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 62299 / Num. obs: 62299 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 91.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 3158 -RANDOM
Rwork0.257 ---
all0.259 62299 --
obs0.259 62299 99.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12126 0 0 0 12126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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