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- PDB-1x8d: Crystal structure of E. coli YiiL protein containing L-rhamnose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x8d
タイトルCrystal structure of E. coli YiiL protein containing L-rhamnose
要素Hypothetical protein yiiL
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Mutarotase / L-rhamnose
機能・相同性
機能・相同性情報


L-rhamnose mutarotase / L-rhamnose mutarotase activity / rhamnose catabolic process / racemase and epimerase activity, acting on carbohydrates and derivatives / protein homodimerization activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
L-rhamnose mutarotase / Rhamnose/fucose mutarotase / L-rhamnose mutarotase / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-RHAMNOSE / L-rhamnose mutarotase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ryu, K.S. / Kim, J.I. / Cho, S.J. / Park, D. / Park, C. / Lee, J.O. / Choi, B.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Insights into the Monosaccharide Specificity of Escherichia coli Rhamnose Mutarotase
著者: Ryu, K.S. / Kim, J.I. / Cho, S.J. / Park, D. / Park, C. / Cheong, H.K. / Lee, J.O. / Choi, B.S.
履歴
登録2004年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年8月8日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / struct_biol / Item: _diffrn_source.source
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein yiiL
B: Hypothetical protein yiiL
C: Hypothetical protein yiiL
D: Hypothetical protein yiiL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7728
ポリマ－49,1154
非ポリマー6574
水9,044502
1
A: Hypothetical protein yiiL
B: Hypothetical protein yiiL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8864
ポリマ－24,5582
非ポリマー3282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10300 Å2
手法PISA
2
C: Hypothetical protein yiiL
D: Hypothetical protein yiiL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,8864
ポリマ－24,5582
非ポリマー3282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.358, 51.311, 80.492
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological functional uint is a dimer for the rhamnose mutarotase acitivity

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical protein yiiL / L-rhamnose mutarotase


分子量: 12278.864 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32156
#2: 糖
ChemComp-RNS / L-RHAMNOSE / ラムノ-ス


タイプ: L-saccharide / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: sodium citrate, L-rhamnose, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
IDCrystal-ID
11
21
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.5418
20.9793, 0.9788, 0.9686
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE2003年11月20日
2
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
20.97931
30.97881
40.96861
反射解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 51664 / Num. obs: 41131 / % possible obs: 79.6 %
反射 シェル解像度: 1.94→2.03 Å / % possible all: 65.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2787 1758 Random
Rwork0.2351 --
all-51664 -
obs-41131 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3456 0 44 502 4002
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0077
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3062

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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