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- PDB-1x7v: Crystal structure of PA3566 from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x7v
タイトルCrystal structure of PA3566 from Pseudomonas aeruginosa
要素PA3566 protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein structure initiative / Midwest Center for Structural Genomics / alpha-beta plait / PSI / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / ABM domain profile. / Antibiotic biosynthesis monooxygenase / Antibiotic biosynthesis monooxygenase domain / Alpha-Beta Plaits - #100 / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ABM domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Sanders, D.A. / Walker, J.R. / Skarina, T. / Gorodichtchenskaia, E. / Joachimiak, A. / Edwards, A. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: The X-ray crystal structure of PA3566 from Pseudomonas aureginosa at 1.8 A resolution.
著者: Sanders, D.A. / Walker, J.R. / Skarina, T. / Savchenko, A.
履歴
登録2004年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PA3566 protein
B: PA3566 protein
C: PA3566 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5144
ポリマ－34,4183
非ポリマー961
水3,531196
1
A: PA3566 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4731
ポリマ－11,4731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PA3566 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,4731
ポリマ－11,4731
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PA3566 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5692
ポリマ－11,4731
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: PA3566 protein
B: PA3566 protein
C: PA3566 protein
ヘテロ分子

A: PA3566 protein
B: PA3566 protein
C: PA3566 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0278
ポリマ－68,8356
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area13520 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
5
B: PA3566 protein
C: PA3566 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0413
ポリマ－22,9452
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
6
A: PA3566 protein

A: PA3566 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9452
ポリマ－22,9452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
7
C: PA3566 protein
ヘテロ分子

A: PA3566 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0413
ポリマ－22,9452
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
Buried area1000 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.555, 38.395, 63.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 PA3566 protein / APC5058


分子量: 11472.555 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR / 参照: UniProt: Q9HY51
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: Ammonium sulfate, Sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.96498, 0.97872, 0.98024
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.964981
20.978721
30.980241
反射解像度: 1.78→50 Å / Num. obs: 25374 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 1.78→1.86 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.78→63.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.152 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.381 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22297 1256 5.1 %RANDOM
Rwork0.1641 ---
obs0.16715 23288 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.148 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2--1.06 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→63.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2392 0 5 196 2593
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022179
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9393289
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83235022
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3245290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.9423.066137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65215404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.431527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022735
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02525
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.22031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21102
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21517
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2120
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2340.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1230.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7651.51795
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5511.5591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.17422326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.31731052
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7284.5963
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.77135360
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.6873195
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.77834558
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 69 -
Rwork0.195 1270 -
obs--71.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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