[日本語] English
万見
- PDB-1x7f: Crystal structure of an uncharacterized B. cereus protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x7f
タイトルCrystal structure of an uncharacterized B. cereus protein
要素outer surface protein
キーワードStructural Genomics / unknown function / protein structure initiative / outer surface protein / MCSG / PSI / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


6-phospho-N-acetylmuramidase / 6-phospho-N-acetylmuramidase, N-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, C-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, C-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, N-terminal / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...6-phospho-N-acetylmuramidase / 6-phospho-N-acetylmuramidase, N-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, C-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, C-terminal / 6-phospho-N-acetylmuramidase, N-terminal / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / MCSG / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized B. cereus protein
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Brunzelle, J.S. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / MCSG
履歴
登録2004年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 300BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN, THOUGH IT IS LIKELY A MONOMER.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: outer surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9621
ポリマ－43,9621
非ポリマー00
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)141.681, 141.681, 141.681
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number212
Space group name H-MP4332

-
要素

#1: タンパク質 outer surface protein


分子量: 43961.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus cereus ATCC 14579 (バクテリア)
生物種: Bacillus cereus / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: AAP07802 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q81HJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M Sodium Acetate, 0.5 Sodium Chloride, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97916 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月24日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97916 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 22225 / Num. obs: 22225 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique all: 2171 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 10.271 / SU ML: 0.141 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.258 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23175 1132 5.1 %RANDOM
Rwork0.17115 ---
all0.17422 21033 --
obs0.17422 21033 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2790 0 0 359 3149
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.181.9434039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0195370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.49824.481154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.42415532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4641519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2436
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022310
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1870.21342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.22038
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2348
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.51867
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24422913
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.10431268
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1114.51126
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.241 62 -
Rwork0.195 1538 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.41170.6901-1.08343.1139-1.30923.1746-0.36470.6342-0.8002-0.44960.0059-0.04810.7717-0.17640.3588-0.0516-0.06990.176-0.1523-0.1319-0.014918.312-23.60629.3123
22.0223-0.9916-1.28984.58920.15313.0998-0.0698-0.0296-0.19710.21770.03720.16620.1869-0.11190.0326-0.1977-0.00010.0286-0.25080.0344-0.179-0.3965-1.429332.9947
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 24425 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2AA245 - 361269 - 385

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る