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万見
- PDB-1x75: CcdB:GyrA14 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x75
タイトルCcdB:GyrA14 complex
要素
  • Cytotoxic protein ccdB細胞毒性
  • DNA gyrase subunit ADNAジャイレース
キーワードISOMERASE/SIGNALING PROTEIN / gyrase (DNAジャイレース) / CcdB / topoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / plasmid addiction / TA system / bacterial cell death / ISOMERASE-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA gyrase complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change ...DNA gyrase complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / ATP-dependent activity, acting on DNA / transcription repressor complex / DNA-templated DNA replication / 染色体 / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / 生体膜 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Toxin CcdB / CcdB protein / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller ...Toxin CcdB / CcdB protein / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / DNA gyrase subunit A / Toxin CcdB / Toxin CcdB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Dao-Thi, M.H. / Van Melderen, L. / De Genst, E. / Wyns, L. / Loris, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Molecular Basis of Gyrase Poisoning by the Addiction Toxin CcdB
著者: Dao-Thi, M.H. / Van Melderen, L. / De Genst, E. / Afif, H. / Buts, L. / Wyns, L. / Loris, R.
履歴
登録2004年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit A
C: Cytotoxic protein ccdB
D: Cytotoxic protein ccdB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,2854
ポリマ－53,2854
非ポリマー00
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.124, 83.344, 110.919
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細heterotetramer consisting of a CcdB dimer and a GyrA14 dimer

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A / DNAジャイレース / GyrA14


分子量: 14921.097 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 363-494 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09097, UniProt: P0AES4*PLUS, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 Cytotoxic protein ccdB / 細胞毒性 / CcdB


分子量: 11721.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62555, UniProt: P62554*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG-4000, KCl, CaCl2, Na-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月24日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 11149 / Num. obs: 11149 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.325 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2979 898 random
Rwork0.2239 --
all0.2299 11149 -
obs0.2299 11149 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3427 0 0 57 3484
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008833
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.79697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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