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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x6u | |||||||||
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タイトル | KDO8P synthase in it's binary complex with the product KDO8P | |||||||||
要素 | 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / KDO8P | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005 タイトル: Crystal Structures of Escherichia coli KDO8P Synthase Complexes Reveal the Source of Catalytic Irreversibility 著者: Vainer, R. / Belakhov, V. / Rabkin, E. / Baasov, T. / Adir, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x6u.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x6u.ent.gz | 48.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x6u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/1x6u | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: X,Y,Z -X,-Y,Z -X,Y,-Z X,-Y,-Z Z,X,Y Z,-X,-Y -Z,-X,Y -Z,X,-Y Y,Z,X -Y,Z,-X Y,-Z,-X -Y,-Z,X 1/2+X,1/2+Y,1/2+Z 1/2-X,1/2-Y,1/2+Z 1/2-X,1/2+Y,1/2-Z 1/2+X,1/2-Y,1/2-Z 1/2+Z,1/2+X,1/2+Y 1/2+Z,1/2-X,1/2-Y 1/2-Z,1/2-X,1/2+Y 1/2-Z,1/2+X,1/2-Y 1/2+Y,1/2+Z,1/2+X 1/2-Y,1/2+Z,1/2-X 1/2+Y,1/2-Z,1/2-X 1/2-Y,1/2-Z,1/2+X |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30870.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: kdsA / プラスミド: pJU1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha 参照: UniProt: P0A715, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase |
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#2: 糖 | ChemComp-DO8 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG4000, Glycerol, Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.934 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 6950 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 768 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PHW 解像度: 2.7→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 66.35 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
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拘束条件 |
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