PDB-1x5r: Solution structure of the fourth PDZ domain of Glutamate receptor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x5r

タイトル

Solution structure of the fourth PDZ domain of Glutamate receptor interacting protein 2

要素

Glutamate receptor interacting protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / PDZ domain / Glutamate receptor interacting protein 2 / GRIP2 protein / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / artery smooth muscle contraction / neuron spine / positive regulation of blood pressure / postsynaptic density, intracellular component / glutamate receptor binding / Notch signaling pathway / postsynaptic membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Qin, X.R. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the fourth PDZ domain of Glutamate receptor interacting protein 2
著者: Qin, X.R. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x5r.cif.gz	609.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x5r.ent.gz	511.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1x5r_validation.pdf.gz	343.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1x5r_full_validation.pdf.gz	506.8 KB	表示
XML形式データ	1x5r_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	1x5r_validation.cif.gz	61.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2cqg-d 2gs0-d 1uew-d 1wx6-d 2ciu-d 4uzz-d 4a90-1 2n0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hsk002101691.2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutamate receptor interacting protein 2

11.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Glutamate receptor interacting protein 2 / GRIP2 protein 分子量: 11449.641 Da / 分子数: 1 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: KAZUSA cDNA pf00330s1 / プラスミド: P040705-16 / 参照: UniProt: Q9C0E4

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

NMR実験の詳細

Text: spectrometer_id 1 for 3D_15N_separated_NOESY; spectrometer_id 2 for 3D_13C_separated_NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.95mM 13C, 15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	900	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio,F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson,B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9296	Kobayashi,N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guntert,P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guntert,P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the lowest energy,structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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