PDB-1x5m: Solution structure of the core domain of calcyclin binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1x5m

タイトル

Solution structure of the core domain of calcyclin binding protein; siah-interacting protein (SIP)

要素

Calcyclin-binding protein

キーワード

APOPTOSIS (アポトーシス) /

SIGNALING PROTEIN / CS domain / Calcyclin-binding protein/Siah-interacting protein/S100A6-binding protein /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-catenin destruction complex / S100 protein binding /

SCF複合体 / nuclear envelope lumen /

tubulin binding / cellular response to leukemia inhibitory factor /

heart development / protein domain specific binding /

ubiquitin protein ligase binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Solution structure of the core domain of calcyclin binding protein; siah-interacting protein (SIP)
著者: Qin, X.R. / Nagashima, T. / Hayashi, F. / Yokoyama, S.

履歴

登録	2005年5月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1x5m.cif.gz	773.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1x5m.ent.gz	647.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1x5m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2k3g-d 4bmw-d 3vzi-1 3io2-d 1x4c-d 2w0n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: hss001000577

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (3) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calcyclin-binding protein

14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
代表モデル

#1: タンパク質	Calcyclin-binding protein / CacyBP / hCacyBP / Siah-interacting protein / S100A6-binding protein / PNAS-107 分子量: 14078.024 Da / 分子数: 1 / 断片: CS domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: cell free protein synthesis / 遺伝子: CACYBP, S100A6BP, SIP / プラスミド: p040329-62 / 参照: UniProt: Q9HB71

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 0.98mM 13C,15N-labeled protein; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
VNMR	6.1C	Varian	collection
NMRPipe	20031121	Delaglio, F.	解析
NMRView	5.0.4	Johnson, B.A.	データ解析
KUJIRA	0.9296	Kobayashi, N.	データ解析
CYANA	1.0.7	Guntert, P.	構造決定
CYANA	1.0.7	Guntert, P.	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function, structures with the lowest energy, structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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