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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1x5d | ||||||
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タイトル | The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human Protein disulfide-isomerase A6 | ||||||
要素 | Protein disulfide-isomerase A6 | ||||||
キーワード | ISOMERASE (異性化酵素) / PDIA6 / ERP5 / P5 / TXNDC7 / Thioredoxin like domain / redox (酸化還元反応) / structural genomics (構造ゲノミクス) / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 プロテインジスルフィドイソメラーゼ / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / メラノソーム ...プロテインジスルフィドイソメラーゼ / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / メラノソーム / フォールディング / 小胞体 / endoplasmic reticulum membrane / 小胞体 / extracellular space / extracellular exosome / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
データ登録者 | Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The solution structure of the second thioredoxin-like domain of human Protein disulfide-isomerase A6 著者: Tochio, N. / Koshiba, S. / Inoue, M. / Kigawa, T. / Yokoyama, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1x5d.cif.gz | 758.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1x5d.ent.gz | 660 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1x5d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x5/1x5d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14339.788 Da / 分子数: 1 / 断片: Thioredoxin like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: Cell-free protein synthesis / 遺伝子: PDIA6 / プラスミド: P040628-10 参照: UniProt: Q15084, プロテインジスルフィドイソメラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.1mM thioredoxin like domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 120mM / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 296 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function,structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |