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- PDB-1x3x: Crystal Structure of Cytochrome b5 from Ascaris suum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x3x
タイトルCrystal Structure of Cytochrome b5 from Ascaris suum
要素Cytochrome b5
キーワードELECTRON TRANSPORT / cytochrome b5 / hemoprotein / porcine parasitic namatode
機能・相同性
機能・相同性情報


Flavocytochrome B2; Chain A, domain 1 / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5 family, heme-binding domain profile. / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain / Cytochrome b5-like heme/steroid binding domain superfamily / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Cytochrome b5-like Heme/Steroid binding domain / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Cytochrome b5
類似検索 - 構成要素
生物種Ascaris suum (かいちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yokota, T. / Nakajima, Y. / Yamakura, F. / Sugio, S. / Hashimoto, M. / Takamiya, S. / Aoki, T.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: Unique structure of Ascaris suum b5-type cytochrome: an additional alpha-helix and positively charged residues on the surface domain interact with redox partners
著者: Yokota, T. / Nakajima, Y. / Yamakura, F. / Sugio, S. / Hashimoto, M. / Takamiya, S.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b5
B: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6485
ポリマ－18,3192
非ポリマー1,3293
水4,089227
1
A: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7762
ポリマ－9,1601
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome b5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8723
ポリマ－9,1601
非ポリマー7132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.225, 41.774, 49.763
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is monomer.

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome b5


分子量: 9159.631 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 1-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ascaris suum (かいちゅう) / プラスミド: pET-28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q17091
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: ammonium sulfate, sodium phosphate, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU RU30011.5418
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B21.7395, 1.7390, 1.7000
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU RAXIS IIC1IMAGE PLATE
ADSC QUANTUM 42CCD2002年6月6日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.73951
31.7391
41.71
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 17915 / Num. obs: 17915 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 42.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.179 / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 1691 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 921 -random
Rwork0.192 ---
all-17891 --
obs-17891 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.8 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.24 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1282 0 91 227 1600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.263
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d20.86
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d0.6558
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.86 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 92 -
Rwork0.222 --
obs-1677 92.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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