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万見
- PDB-1x3w: Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x3w
タイトルStructure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex
要素
  • UV excision repair protein RAD23
  • peptide:N-glycanase
キーワードHYDROLASE / Protein-protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / PNGase complex / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / nucleotide-excision repair factor 2 complex / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding ...ubiquitin-dependent glycoprotein ERAD pathway / PNGase complex / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase / nucleotide-excision repair factor 2 complex / peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase activity / nucleotide-excision repair, DNA damage recognition / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteasome binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ERAD pathway / ubiquitin binding / protein-macromolecule adaptor activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / damaged DNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #90 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #270 / XPC-binding domain / : / Rad4 transglutaminase-like domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Transglutaminase-like superfamily ...Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A - #90 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #270 / XPC-binding domain / : / Rad4 transglutaminase-like domain / UV excision repair protein Rad23 / XPC-binding domain / XPC-binding domain superfamily / XPC-binding domain / Transglutaminase-like superfamily / Transglutaminase/protease-like homologues / Transglutaminase-like / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / UBA/TS-N domain / N-terminal domain of TfIIb - #10 / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / N-terminal domain of TfIIb / UBA-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Single Sheet / Helix non-globular / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Special / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / UV excision repair protein RAD23 / Peptide-N(4)-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Lee, J.-H. / Choi, J.M. / Lee, C. / Yi, K.J. / Cho, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of a peptide:N-glycanase-Rad23 complex: insight into the deglycosylation for denatured glycoproteins.
著者: Lee, J.H. / Choi, J.M. / Lee, C. / Yi, K.J. / Cho, Y.
履歴
登録2005年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: peptide:N-glycanase
B: UV excision repair protein RAD23
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1986
ポリマ－47,1052
非ポリマー1,0924
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.235, 129.235, 128.494
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly is protein-protein complex in asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 peptide:N-glycanase


分子量: 39566.234 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 8-342 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q02890, peptide-N4-(N-acetyl-beta-glucosaminyl)asparagine amidase
#2: タンパク質 UV excision repair protein RAD23


分子量: 7539.189 Da / 分子数: 1 / 断片: XPC binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P32628
#3: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 81 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: sodium chloride, MES, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9794 Å
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 25391 / Num. obs: 25391 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.32 / % possible all: 68.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 37.386 / SU ML: 0.265 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.319 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27418 1180 4.9 %RANDOM
Rwork0.24367 ---
all0.24516 22672 --
obs0.24516 22672 94.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.596 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4 Å22.7 Å20 Å2
2--5.4 Å20 Å2
3----8.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 70 17 3187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.9764394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1295375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.45924.675169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.85715567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6291519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2960.21965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3430.22218
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1990.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0780.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0691.51912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93923041
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.95331495
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4354.51353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.01733407
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free4.378318
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.94533170
LS精密化 シェル解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 75 -
Rwork0.42 1158 -
obs--67.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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