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万見
- PDB-1x2r: Structural basis for the defects of human lung cancer somatic mut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x2r
タイトルStructural basis for the defects of human lung cancer somatic mutations in the repression activity of Keap1 on Nrf2
要素
  • Kelch-like ECH-associated protein 1
  • Nuclear factor erythroid 2 related factor 2
キーワードTRANSCRIPTION / beta propeller / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation ...positive regulation of glutathione biosynthetic process / aflatoxin catabolic process / negative regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / negative regulation of cellular response to hypoxia / PERK-mediated unfolded protein response / regulation of removal of superoxide radicals / regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / cellular response to laminar fluid shear stress / response to caloric restriction / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / cellular response to fluid shear stress / cellular response to methionine / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / negative regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / negative regulation of ferroptosis / regulation of innate immune response / transcription factor binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / cellular response to angiotensin / regulation of embryonic development / positive regulation of blood coagulation / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum unfolded protein response / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to glucose starvation / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / cell redox homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / cellular response to copper ion / response to endoplasmic reticulum stress / response to ischemia / transcription coregulator binding / positive regulation of D-glucose import / actin filament / molecular condensate scaffold activity / protein-DNA complex / positive regulation of neuron projection development / centriolar satellite / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / disordered domain specific binding / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to oxidative stress / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription cis-regulatory region binding / protein ubiquitination / regulation of autophagy / ciliary basal body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / endoplasmic reticulum / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch ...: / Basic leucine zipper domain, Maf-type / bZIP Maf transcription factor / Transcription factor, Skn-1-like, DNA-binding domain superfamily / Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch motif / Kelch / Kelch repeat type 1 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear factor erythroid 2-related factor 2 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Padmanabhan, B. / Tong, K.I. / Nakamura, Y. / Ohta, T. / Scharlock, M. / Kobayashi, A. / Ohtsuji, M. / Kang, M.-I. / Yamamoto, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2006
タイトル: Structural basis for defects of keap1 activity provoked by its point mutations in lung cancer
著者: Padmanabhan, B. / Tong, K.I. / Ohta, T. / Nakamura, Y. / Scharlock, M. / Ohtsuji, M. / Kang, M.-I. / Kobayashi, A. / Yokoyama, S. / Yamamoto, M.
履歴
登録2005年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Nuclear factor erythroid 2 related factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,62911
ポリマ－35,7642
非ポリマー8659
水7,638424
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area12320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.349, 103.349, 55.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2


分子量: 34711.906 Da / 分子数: 1 / 断片: keap1-dc, residues 309-624 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 CodonPlus (DE3)_RIL / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear factor erythroid 2 related factor 2 / NF-E2 related factor 2 / NFE2-related factor 2 / Nuclear factor / erythroid derived 2 / like 2


分子量: 1052.089 Da / 分子数: 1 / 断片: Nrf2/Neh2 peptide, residues 76-84 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nrf2 peptide, synthetic peptide / 参照: UniProt: Q60795
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: ammonium sulfate, lithium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 103 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Triangular Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 37155 / Num. obs: 35557 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / % possible all: 77.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Keap1-DC native structure - 1X2J

1x2j


解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.214 1739 random
Rwork0.191 --
obs0.196 35531 -
all-37127 -
原子変位パラメータBiso mean: 22.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.18 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2300 0 45 424 2769
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.73
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.017
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 249 -
Rwork0.227 --
obs-5008 81.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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