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万見
- PDB-1x2h: Crystal Structure of Lipate-Protein Ligase A from Escherichia col... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x2h
タイトルCrystal Structure of Lipate-Protein Ligase A from Escherichia coli complexed with lipoic acid
要素Lipoate-protein ligase A
キーワードLIGASE / lipoate-protein ligase / lipoic acid / protein acylation / post-translational modification
機能・相同性
機能・相同性情報


lipoyltransferase activity / lipoate-protein ligase / lipoate-protein ligase activity / protein lipoylation / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lipoate-protein ligase A / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Lipoate-protein ligase A / Lipoate protein ligase, C-terminal / Bacterial lipoate protein ligase C-terminus / Lipoyltransferase/lipoate-protein ligase / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Enolase-like; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LIPOIC ACID / Lipoate-protein ligase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Fujiwara, K. / Toma, S. / Okamura-Ikeda, K. / Motokawa, Y. / Nakagawa, A. / Taniguchi, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of lipoate-protein ligase A from Escherichia coli: Determination of the lipoic acid-binding site
著者: Fujiwara, K. / Toma, S. / Okamura-Ikeda, K. / Motokawa, Y. / Nakagawa, A. / Taniguchi, H.
履歴
登録2005年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoate-protein ligase A
B: Lipoate-protein ligase A
C: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6385
ポリマ－114,2253
非ポリマー4132
水39622
1
A: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2812
ポリマ－38,0751
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lipoate-protein ligase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2812
ポリマ－38,0751
非ポリマー2061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lipoate-protein ligase A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0751
ポリマ－38,0751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.200, 111.600, 289.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Lipoate-protein ligase A


分子量: 38075.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS
参照: UniProt: P32099, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-LPA / LIPOIC ACID / 5-[(3R)-1,2-dithiolan-3-yl]pentanoic acid / α-リポ酸


分子量: 206.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O2S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: ethylene glycol, glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.92154 Å
検出器タイプ: Bruker DIP-6040 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月7日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92154 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→200 Å / Num. all: 29247 / Num. obs: 29247 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Rmerge(I) obs: 0.421 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2939 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: Difference Fourier
開始モデル: Lipoate protein ligase A from E. coli

解像度: 2.91→66.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / SU B: 15.864 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.435 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2714 1533 5.3 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
all0.1907 27666 --
obs0.1907 27666 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.469 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.59 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3----0.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.303 Å0.435 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→66.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7891 0 24 22 7937
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0228084
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9761.94810951
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0385992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.85523.596406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.67151344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9971573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2540.23992
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3290.25509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1690.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8451.55048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.46727946
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23833394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6924.53005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル最高解像度: 2.91 Å / Num. reflection Rwork: 1955 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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