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- PDB-1x1v: Structure Of Banana Lectin- Methyl-Alpha-Mannose Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x1v
タイトルStructure Of Banana Lectin- Methyl-Alpha-Mannose Complex
要素lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / all beta sheet protein / beta prism-I fold / mannose specific
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Aligned Prism / Vitelline Membrane Outer Layer Protein I, subunit A / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / methyl alpha-D-mannopyranoside / Lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Musa acuminata (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Singh, D.D. / Saikrishnan, K. / Kumar, P. / Surolia, A. / Sekar, K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: Glycobiology / 年: 2005
タイトル: Unusual sugar specificity of banana lectin from Musa paradisiaca and its probable evolutionary origin. Crystallographic and modelling studies
著者: Singh, D.D. / Saikrishnan, K. / Kumar, P. / Surolia, A. / Sekar, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Purification, crystallization and preliminary X-ray structure analysis of the banana lectin from Musa paradisiaca
著者: Singh, D.D. / Saikrishnan, K. / Kumar, P. / Dauter, Z. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis for the carbohydrate specificities of artocarpin: variation in the length of a loop as a strategy for generating ligand specificity
著者: Jeyaprakash, A.A. / Srivastav, A. / Surolia, A. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of artocarpin, a Moraceae lectin with mannose specificity, and its complex with methyl-alpha-D-mannose: implications to the generation of carbohydrate specificity
著者: Pratap, J.V. / Jeyaprakash, A.A. / Rani, P.G. / Sekar, K. / Surolia, A. / Vijayan, M.
履歴
登録2005年4月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin
B: lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,24316
ポリマ－29,3672
非ポリマー1,87614
水8,971498
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area12700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.820, 80.820, 148.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a dimer as contained in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 lectin


分子量: 14683.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: synonym: musa paradisiaca / 由来: (天然) Musa acuminata (植物) / 参照: UniProt: Q8L5H4
#2: 糖
ChemComp-MMA / methyl alpha-D-mannopyranoside / O1-METHYL-MANNOSE / methyl alpha-D-mannoside / methyl D-mannoside / methyl mannoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 194.182 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H14O6
識別子タイププログラム
DManp[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
o1-methyl-mannoseIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: zinc acetate dihydrate, sodium cacodylate, 1,6-hexanediol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: OSMIC MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 21859 / Num. obs: 21617 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.533 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1C3N

1c3n


解像度: 2.45→24.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 17.375 / SU ML: 0.171 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.239 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26034 1047 5 %RANDOM
Rwork0.22388 ---
all0.2257 20969 --
obs0.2257 19922 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.95 Å20.98 Å20 Å2
2--1.95 Å20 Å2
3----2.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→24.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2050 0 116 498 2664
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222213
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021983
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.9762970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.27934600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.855276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68723.41285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.01315301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.25156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3270.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022444
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1810.22028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1860.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.21365
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.180.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.3570.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0830.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1970.255
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.51695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6922125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88831042
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.374.5845
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 75 -
Rwork0.335 1440 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0618 Å / Origin y: 23.1978 Å / Origin z: 58.4053 Å
111213212223313233
T-0.0773 Å20.0241 Å20.035 Å2--0.1364 Å2-0.013 Å2---0.0996 Å2
L0.5762 °2-0.3588 °20.3259 °2-1.0546 °2-0.1227 °2--3.1889 °2
S0.0494 Å °0.0121 Å °0.0479 Å °-0.0264 Å °-0.0569 Å °-0.1575 Å °0.0581 Å °0.1549 Å °0.0075 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B202 - 728
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 726
3X-RAY DIFFRACTION1B802 - 902
4X-RAY DIFFRACTION1A801 - 903
5X-RAY DIFFRACTION1B2 - 141
6X-RAY DIFFRACTION1A4 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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