+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7kmu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of WT Malaysian Banana Lectin | ||||||
Components | Jacalin-type lectin domain-containing protein | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / MANNOSE-SPECIFIC JACALIN-RELATED LECTIN | ||||||
Function / homology | Jacalin-like lectin domain, plant / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-like lectin domain / Jacalin-type lectin domain profile. / Jacalin-like lectin domain superfamily / carbohydrate binding / Jacalin-type lectin domain-containing protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Musa acuminata (dwarf banana) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.51 Å | ||||||
Authors | Meagher, J.L. / Stuckey, J.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2021 Title: Targeted disruption of pi-pi stacking in Malaysian banana lectin reduces mitogenicity while preserving antiviral activity. Authors: Coves-Datson, E.M. / King, S.R. / Legendre, M. / Swanson, M.D. / Gupta, A. / Claes, S. / Meagher, J.L. / Boonen, A. / Zhang, L. / Kalveram, B. / Raglow, Z. / Freiberg, A.N. / Prichard, M. / ...Authors: Coves-Datson, E.M. / King, S.R. / Legendre, M. / Swanson, M.D. / Gupta, A. / Claes, S. / Meagher, J.L. / Boonen, A. / Zhang, L. / Kalveram, B. / Raglow, Z. / Freiberg, A.N. / Prichard, M. / Stuckey, J.A. / Schols, D. / Markovitz, D.M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7kmu.cif.gz | 77.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7kmu.ent.gz | 55.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7kmu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/7kmu | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 7kmvC 2bmyS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16280.194 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Musa acuminata (dwarf banana) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: M0TZ81 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.34 Å3/Da / Density % sol: 47.53 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 1.6M Ammonium Sulfate, 2% Peg 1K, 0.1M HEPES 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.9786 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Nov 1, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9786 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.51→50 Å / Num. obs: 49873 / % possible obs: 99.5 % / Redundancy: 14 % / Biso Wilson estimate: 15.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.954 / Net I/σ(I): 11.5 / Num. measured all: 699420 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2BMY Resolution: 1.51→42.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.077 / SU Rfree Blow DPI: 0.074 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.069
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.49 Å2 / Biso mean: 17.25 Å2 / Biso min: 6.24 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.51→42.79 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.51→1.52 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
|