PDB-1wz4: Solution Conformation of adr subtype HBV Pre-S2 Epitope

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wz4

タイトル

Solution Conformation of adr subtype HBV Pre-S2 Epitope

要素

Major surface antigen

キーワード

GENE REGULATION / Helix turn helix

機能・相同性

Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane / Large envelope protein

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics

データ登録者

Chi, S.W. / Han, K.H.

引用

ジャーナル: Antiviral Res. / 年: 2006
タイトル: Solution conformation of an immunodominant epitope in the hepatitis B virus preS2 surface antigen.
著者: Chi, S.W. / Kim, D.H. / Kim, J.S. / Lee, M.K. / Han, K.H.

履歴

登録	2005年2月23日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wz4.cif.gz	126.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wz4.ent.gz	87.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wz4_validation.pdf.gz	350.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wz4_full_validation.pdf.gz	466.9 KB	表示
XML形式データ	1wz4_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	1wz4_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/1wz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wz/1wz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2l45-d 1b1v-d 1mr0-d 1scy-d 1xf7-d 2lvt-d 2n3p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Major surface antigen

2.52 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 50	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #2	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	Major surface antigen 分子量: 2520.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence occurs naturally in preS2(123-145) region of surface envelope protein of Hepatitis B virus 参照: UniProt: P03140

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY
2	4	1	2D NOESY
1	5	2	PE-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	5mM adr123	95% CD3OH, 5% H2O
2	5mM adr123	100% D2O

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	0	3.85	1 atm	288 K
2	0	3.85	1 atm	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	分類
VNMR	6.1B	collection
Felix	98	解析
Discover	2.98	精密化

精密化

手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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