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- PDB-1wyk: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN (114-264) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wyk
タイトルSINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN (114-264)
要素SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
キーワードViral protein / hydrolase / COAT PROTEIN / SINDBIS / VIRUS / PROTEINASE / ALPHAVIRUS / CAPSID / DIOXANE
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / FORMYL GROUP / Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Sindbis virus (シンドビスウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lee, S. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 1998
タイトル: Probing the potential glycoprotein binding site of sindbis virus capsid protein with dioxane and model building.
著者: Lee, S. / Kuhn, R.J. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Identification of a Protein Binding Site on the Surface of the Alphavirus Nucleocapsid and its Implication in Virus Assembly
著者: Lee, S. / Owen, K.E. / Choi, H.K. / Lee, H. / Lu, G. / Wengler, G. / Brown, D.T. / Rossmann, M.G. / Kuhn, R.J.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Structure of Sindbis Virus Core Protein Reveals a Chymotrypsin-Like Serine Proteinase and the Organization of the Virion
著者: Choi, H.K. / Tong, L. / Minor, W. / Dumas, P. / Boege, U. / Rossmann, M.G. / Wengler, G.
履歴
登録1998年1月12日処理サイト: BNL
改定 1.01998年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
B: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
C: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
D: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,26813
ポリマ－66,7074
非ポリマー5619
水8,449469
1
A: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7953
ポリマ－16,6771
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8834
ポリマ－16,6771
非ポリマー2063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7953
ポリマ－16,6771
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7953
ポリマ－16,6771
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.980, 59.540, 71.050
Angle α, β, γ (deg.)109.40, 101.50, 90.14
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.779681, -0.56603, -0.267782), (-0.551434, -0.823279, 0.134653), (-0.296677, 0.042677, -0.954024)10.572, 3.2665, 59.1573
2given(0.771114, -0.56934, -0.285017), (0.554856, 0.820461, -0.137759), (0.312277, -0.051915, 0.948571)24.7411, 9.7564, 31.7661
3given(0.999996, -0.002136, -0.001906), (-0.002132, -0.999996, 0.00209), (-0.00191, -0.002086, -0.999996)-0.1281, 36.7006, 25.5119
4given(0.99981, 0.005077, 0.018823), (0.005045, -0.999986, 0.001786), (0.018831, -0.001691, -0.999821)13.041, 12.8639, 90.7193

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要素

#1: タンパク質
SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN / SINDBIS VIRUS CORE PROTEIN


分子量: 16676.828 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sindbis virus (シンドビスウイルス)
属: Alphavirus / 株: SA-AR 86 / 細胞株: BL21 / 遺伝子: POTENTIAL / プラスミド: BL21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P27285, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-FOR / FORMYL GROUP / ホルムアルデヒド


分子量: 30.026 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O
#3: 化合物
ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 20-26%(W/V) PEG 8000, 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH6.5, 150MM SODIUM ACETATE, 6%(V/V) DIOXANE
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110.5 mg/mlprotein1drop
225 mMTris-HCl1drop
312.5 mM1dropNaCl
40.5 mMEDTA1drop
510-13 %(w/v)PEG80001drop
650 mMsodium cacodylate1drop
775 mMsodium acetate1drop
83 %(v/v)dioxane1drop
920-26 %(w/v)PEG80001reservoir
10100 mMsodium cacodylate1reservoir
11150 mMsodium acetate1reservoir
126 %(v/v)dioxane1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年10月26日 / 詳細: BENT FOCUSING MIRROR
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 28851 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 15.2 Å2 / Rsym value: 0.028 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 1.6 % / Mean I/σ(I) obs: 6 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 28.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 53873 / Rmerge(I) obs: 0.028

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SINDBIS VIRUS CAPSID PROTEIN MUTANT (S215A, 106-266) IN TRICLINIC CRYSTAL

解像度: 2→8 Å / Rfactor Rfree error: 0.0072 / Data cutoff high absF: 304 / Data cutoff low absF: 9.7 / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 1365 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.197 28043 78 %-
原子変位パラメータBiso mean: 15.6 Å2
Refine analyzeLuzzati d res low obs: 30 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4696 0 30 469 5195
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.734
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.87
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.571
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: MOL1 AND MOL4, MOL2 AND MOL3 WERE RESTRAINED IN A PAIRWISE MANNER DURING REFINEMENT.
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.074 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 24 1.3 %
Rwork0.234 473 -
obs--24 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2FORMET.PARTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION3DIO.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.878
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.571

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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