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万見
- PDB-1wx5: Crystal Structure of the copper-free Streptomyces castaneoglobisp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wx5
タイトルCrystal Structure of the copper-free Streptomyces castaneoglobisporus tyrosinase complexed with a caddie protein in the monoclinic crystal
要素
  • MelC
  • tyrosinase
キーワードOXIDOREDUCTASE/METAL TRANSPORT / tyrosinase / binary complex / flexibility / OXIDOREDUCTASE-METAL TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


melanin biosynthetic process / oxidoreductase activity / copper ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Tyrosinase co-factor MelC1 / Tyrosinase co-factor MelC1 / protein ne1242 fold / protein ne1242 domain like / Copper chaperone GriE/MELC1 superfamily / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase ...Tyrosinase co-factor MelC1 / Tyrosinase co-factor MelC1 / protein ne1242 fold / protein ne1242 domain like / Copper chaperone GriE/MELC1 superfamily / di-copper center containing domain from catechol oxidase / Di-copper center containing domain from catechol oxidase / Tyrosinase CuA-binding region signature. / : / Common central domain of tyrosinase / Tyrosinase and hemocyanins CuB-binding region signature. / Tyrosinase copper-binding domain / Di-copper centre-containing domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Matoba, Y. / Kumagai, T. / Yamamoto, A. / Yoshitsu, H. / Sugiyama, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystallographic Evidence That the Dinuclear Copper Center of Tyrosinase Is Flexible during Catalysis
著者: Matoba, Y. / Kumagai, T. / Yamamoto, A. / Yoshitsu, H. / Sugiyama, M.
履歴
登録2005年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tyrosinase
B: MelC
C: tyrosinase
D: MelC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,7279
ポリマ－92,5874
非ポリマー1405
水8,971498
1
A: tyrosinase
B: MelC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3875
ポリマ－46,2932
非ポリマー943
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13270 Å2
手法PISA
2
C: tyrosinase
D: MelC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3394
ポリマ－46,2932
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2260 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.850, 93.200, 65.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.80, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tyrosinase


分子量: 32089.564 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
遺伝子: tyrc / プラスミド: pET-mel2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q83WS2, tyrosinase
#2: タンパク質 MelC / caddie protein ORF378


分子量: 14203.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces castaneoglobisporus (バクテリア)
遺伝子: orf378 / プラスミド: pET-mel2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q83WS1
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG4000, ammonium chloride, hepes, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→40.68 Å / Num. all: 46350 / Num. obs: 46161 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.01 % / Biso Wilson estimate: 3.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rsym value: 0.125 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 4.34 % / Rmerge(I) obs: 0.278 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 4564 / Rsym value: 0.278 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851精密化
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WXC

1wxc


解像度: 2.02→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 2290 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
all0.206 46161 --
obs0.201 45956 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5524 0 5 498 6027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.6
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.941.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.952
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.322
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.312.5
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 356 4.7 %
Rwork0.28 7189 -
obs-7574 98.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2TOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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