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- PDB-1wwl: Crystal structure of CD14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wwl
タイトルCrystal structure of CD14
要素Monocyte differentiation antigen CD14
キーワードIMMUNE SYSTEM / cd14 / lps
機能・相同性
機能・相同性情報


molecular carrier activity / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / lipoteichoic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death ...molecular carrier activity / Transfer of LPS from LBP carrier to CD14 / MyD88-independent TLR4 cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / cellular response to diacyl bacterial lipopeptide / cellular response to triacyl bacterial lipopeptide / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / lipoteichoic acid binding / Regulation of TLR by endogenous ligand / TRIF-mediated programmed cell death / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / lipopolysaccharide immune receptor activity / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / lipopolysaccharide receptor complex / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / toll-like receptor 4 signaling pathway / cellular response to lipoteichoic acid / positive regulation of endocytosis / response to magnesium ion / response to tumor necrosis factor / positive regulation of type I interferon production / response to electrical stimulus / Neutrophil degranulation / receptor-mediated endocytosis / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / lipopolysaccharide binding / response to molecule of bacterial origin / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to lipopolysaccharide / response to ethanol / inflammatory response / membrane raft / external side of plasma membrane / innate immune response / Golgi apparatus / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Monocyte differentiation antigen CD14 / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monocyte differentiation antigen CD14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, J.-I. / Lee, C.J. / Jin, M.S. / Lee, C.-H. / Paik, S.-G. / Lee, H. / Lee, J.-O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of CD14 and Its Implications for Lipopolysaccharide Signaling
著者: Kim, J.-I. / Lee, C.J. / Jin, M.S. / Lee, C.-H. / Paik, S.-G. / Lee, H. / Lee, J.-O.
履歴
登録2005年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Other
改定 1.42014年9月10日Group: Database references
改定 1.52019年12月11日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monocyte differentiation antigen CD14
B: Monocyte differentiation antigen CD14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5638
ポリマ－67,4232
非ポリマー2,1406
水7,134396
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Monocyte differentiation antigen CD14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7814
ポリマ－33,7111
非ポリマー1,0703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Monocyte differentiation antigen CD14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7814
ポリマ－33,7111
非ポリマー1,0703
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.519, 117.705, 102.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Monocyte differentiation antigen CD14 / Myeloid cell-specific leucine-rich glycoprotein


分子量: 33711.258 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 3-314 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P10810
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM NaHepes, 1.9M Li2SO4, 5mM NiCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月24日
放射モノクロメーター: monochromator crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 30868 / Num. obs: 29282 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.5→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 283374.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 1420 4.9 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 28951 96.1 %-
all-30868 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.1528 Å2 / ksol: 0.309412 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 51.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.39 Å20 Å20 Å2
2---13.1 Å20 Å2
3---4.71 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.42 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4699 0 140 396 5235
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.26
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 228 5.1 %
Rwork0.277 4254 -
obs--91 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CARBOHYDRATE.PARAMCARBOHYDRATE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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