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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wwb | ||||||
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タイトル | LIGAND BINDING DOMAIN OF HUMAN TRKB RECEPTOR | ||||||
要素 | PROTEIN (Brain Derived Neurotrophic Factor Receptor TrkB) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / TRK RECEPTOR / RECEPTOR TYROSINE KINASE (受容体型チロシンキナーゼ) / 3D-DOMAIN SWAPPING | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 brain-derived neurotrophic factor receptor activity / trans-synaptic signaling by neuropeptide, modulating synaptic transmission / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / retinal rod cell development / peripheral nervous system neuron development / brain-derived neurotrophic factor binding ...brain-derived neurotrophic factor receptor activity / trans-synaptic signaling by neuropeptide, modulating synaptic transmission / BDNF activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF4 activates NTRK2 (TRKB) signaling / NTF3 activates NTRK2 (TRKB) signaling / brain-derived neurotrophic factor receptor signaling pathway / Activated NTRK2 signals through PLCG1 / retinal rod cell development / peripheral nervous system neuron development / brain-derived neurotrophic factor binding / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / mechanoreceptor differentiation / neurotrophin binding / Activated NTRK2 signals through CDK5 / NTRK2 activates RAC1 / Activated NTRK2 signals through FYN / NGF-independant TRKA activation / myelination in peripheral nervous system / Activated NTRK2 signals through PI3K / glutamate secretion / feeding behavior / neuronal action potential propagation / positive regulation of synapse assembly / positive regulation of axonogenesis / regulation of GTPase activity / central nervous system neuron development / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of anoikis / Activated NTRK2 signals through RAS / 脈管形成 / Activated NTRK2 signals through FRS2 and FRS3 / axon terminus / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / 学習 / long-term synaptic potentiation / cellular response to amino acid stimulus / neuron migration / neuron differentiation / terminal bouton / 受容体型チロシンキナーゼ / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / 概日リズム / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / early endosome membrane / protease binding / negative regulation of neuron apoptotic process / positive regulation of MAPK cascade / 樹状突起スパイン / protein autophosphorylation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / postsynaptic density / エンドソーム / receptor complex / positive regulation of protein phosphorylation / 神経繊維 / 樹状突起 / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wiesmann, C. / Ultsch, M.H. / Bass, S.H. / De Vos, A.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999 タイトル: Crystal structures of the neurotrophin-binding domain of TrkA, TrkB and TrkC. 著者: Ultsch, M.H. / Wiesmann, C. / Simmons, L.C. / Henrich, J. / Yang, M. / Reilly, D. / Bass, S.H. / de Vos, A.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wwb.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wwb.ent.gz | 23.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wwb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/1wwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/1wwb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11802.254 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGAND BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16620 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.91 |
検出器 | 日付: 1996年3月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.91 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 115960 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 7.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.019 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1WWC 解像度: 2.1→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.2 詳細: THE MOLECULE UNDERGOES 3D-DOMAIN SWAPPING, SUCH THAT STRAND A OF ONE MOLECULE REPLACES THE SAME STRAND A OF A SYMMETRY RELATED MATE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 0.2 / % reflection Rfree: 9.5 % / Rfactor obs: 0.247 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9 |