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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wvr
タイトルCrystal Structure of a CRISP family Ca-channel blocker derived from snake venom
要素Triflin
キーワードTOXIN / cysteine-rich secretory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium channel regulator activity / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related ...Crisp domain / Cysteine-rich secretory protein / Cysteine-rich secretory protein, SCP domain / Crisp-like domain / Crisp / Venom allergen 5-like / CRISP family signature 2. / Allergen V5/Tpx-1-related, conserved site / CRISP family signature 1. / Cysteine-rich secretory protein-related / ShKT domain / ShKT domain profile. / Pathogenesis-related Protein p14a / CAP / SCP / Tpx-1 / Ag5 / PR-1 / Sc7 family of extracellular domains. / CAP domain / Cysteine-rich secretory protein family / CAP superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Cysteine-rich venom protein triflin
類似検索 - 構成要素
生物種Trimeresurus flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Crystal 1 SINGLE WAVELENGTH PROTOCOL, Crysatl 2 MAD PROTOCOL / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shikamoto, Y. / Suto, K. / Yamazaki, Y. / Morita, T. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of a CRISP family Ca2+ -channel blocker derived from snake venom.
著者: Shikamoto, Y. / Suto, K. / Yamazaki, Y. / Morita, T. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Cloning and characterization of novel snake venom proteins that block smooth muscle contraction
著者: Yamazaki, Y. / Koike, H. / Sugiyama, Y. / Motoyoshi, K. / Wada, T. / Hishinuma, S. / Mita, M. / Morita, T.
#2: ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2003
タイトル: Wide distribution of cysteine-rich secretory proteins in snake venoms: isolation and cloning of novel snake venom cysteine-rich secretory proteins
著者: Yamazaki, Y. / Hyodo, F. / Morita, T.
履歴
登録2004年12月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triflin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,83910
ポリマ－24,8271
非ポリマー1,0129
水2,522140
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
A: Triflin
ヘテロ分子

A: Triflin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,67720
ポリマ－49,6542
非ポリマー2,02318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area20840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.374, 83.374, 85.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Triflin


分子量: 24826.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Trimeresurus flavoviridis (ハブ) / 株: Tokunoshima / 参照: UniProt: Q8JI39
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Tris-HCl, PEG 400, sodium acetate, sodium cadmium, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11.0403
21.0403, 1.0406, 1.0457
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月2日 / 詳細: mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1siliconSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.04031
21.04061
31.04571
反射解像度: 2.3→38.11 Å / Num. all: 14053 / Num. obs: 13969 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 8.25
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1965 / Rsym value: 0.48 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
MAR345データ収集
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: Crystal 1 SINGLE WAVELENGTH PROTOCOL, Crysatl 2 MAD PROTOCOL
解像度: 2.4→38.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1353400.47 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 609 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.227 12235 99.2 %-
all-13844 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.6302 Å2 / ksol: 0.329866 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.57 Å20 Å20 Å2
2--9.57 Å20 Å2
3----19.14 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.37 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1734 0 9 140 1883
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.252
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.212.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 95 4.8 %
Rwork0.3 1899 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ACT.PARAMACT.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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