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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wvc | ||||||
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タイトル | alpha-D-glucose-1-phosphate cytidylyltransferase complexed with CTP | ||||||
要素 | Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / CDP-glucose pyrophosphorylase / nucleotidyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucose-1-phosphate cytidylyltransferase / glucose-1-phosphate cytidylyltransferase activity / O antigen biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Koropatkin, N.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: Kinetic and structural analysis of alpha-D-Glucose-1-phosphate cytidylyltransferase from Salmonella typhi. 著者: Koropatkin, N.M. / Cleland, W.W. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wvc.cif.gz | 68.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wvc.ent.gz | 49 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wvc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wvc_validation.pdf.gz | 765.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wvc_full_validation.pdf.gz | 783.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wvc_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wvc_validation.cif.gz | 14.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wvc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29203.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi (サルモネラ菌) 生物種: Salmonella enterica / 株: CT18 / 遺伝子: rfbF / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: P26396, UniProt: Q8Z5I4*PLUS, glucose-1-phosphate cytidylyltransferase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NI / | #4: 化合物 | ChemComp-CTP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.3 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG 400, magnesium chloride, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 130 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9641 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日 |
放射 | モノクロメーター: Diamond 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9641 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→25 Å / Num. all: 11780 / Num. obs: 11780 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.5 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 26.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1064 / Rsym value: 0.274 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1TZF 解像度: 2.5→25 Å / σ(F): 0.5
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→25 Å
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拘束条件 |
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