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- PDB-1wv8: Crystal structure of hypothetical protein TTHA1013 from an extrem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wv8
タイトルCrystal structure of hypothetical protein TTHA1013 from an extremely thermophilic bacterium thermus thermophilus HB8
要素hypothetical protein TTHA1013
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Hypothetical / novel fold / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性TTHA1013-like / Domain of unknown function DUF1902 / Domain of unknown function (DUF1902) / TTHA1013/TTHA0281-like / TTHA1013/TTHA0281-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / DUF1902 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Mizohata, E. / Hattori, M. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein TTHA1013 from Thermus thermophilus HB8
著者: Hattori, M. / Mizohata, E. / Manzoku, M. / Bessho, Y. / Murayama, K. / Terada, T. / Kuramitsu, S. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
履歴
登録2004年12月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TTHA1013


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0141
ポリマ－8,0141
非ポリマー00
水68538
1
A: hypothetical protein TTHA1013

A: hypothetical protein TTHA1013


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0282
ポリマ－16,0282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_556-x+y,y,-z+11
Buried area2320 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area8050 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)51.897, 51.897, 117.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-85-

HOH

21A-110-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein TTHA1013 / TT1413


分子量: 8013.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJJ5
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.878 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: ammonium sulfate, sodium acetate, PEG4000, Tris-HCl, Sodium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.96300, 0.97911, 0.97937, 1.00000
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年6月17日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9631
20.979111
30.979371
411
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 5283 / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.2→44.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 573827.92 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 285 5.5 %RANDOM
Rwork0.259 ---
obs0.259 5222 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.5787 Å2 / ksol: 0.355245 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.19 Å2-1.96 Å20 Å2
2--3.19 Å20 Å2
3----6.39 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.34 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.33 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数541 0 0 38 579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.055 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 36 4.3 %
Rwork0.316 797 -
obs--99.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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