PDB-1wv6: X-ray structure of the A-decamer GCGTATACGC with a single 2'-O-bu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wv6

タイトル

X-ray structure of the A-decamer GCGTATACGC with a single 2'-O-butyl thymine in place of T6, Sr-form

要素

5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'

キーワード

DNA

機能・相同性

STRONTIUM ION / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharam, M.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Probing the influence of stereoelectronic effects on the biophysical properties of oligonucleotides: comprehensive analysis of the RNA affinity, nuclease resistance, and crystal ...
著者: Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharan, M.

履歴

登録	2004年12月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年6月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wv6.cif.gz	21.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wv6.ent.gz	13.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wv6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wv6_validation.pdf.gz	386.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wv6_full_validation.pdf.gz	386.6 KB	表示
XML形式データ	1wv6_validation.xml.gz	3.1 KB	表示
CIF形式データ	1wv6_validation.cif.gz	3.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/1wv6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wv5C 1y7fC 1y84C 1y86C 1y8lC 1y8vC 1y9fC 1y9sC 1yb9C 1ybcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1g4q-d 401d-1 5fhl-1 1d88-d 1fix-d 3ey2-d 2b1c-d 1d96-d 138d-1 5tdj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'

B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'

ヘテロ分子

6.67 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.566, 43.566, 69.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: DNA鎖	5'-D(GPCPGPTPAP(2BT)PAPCPGPC)-3' 分子量: 3117.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物	ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン分子量: 87.620 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.79 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3
詳細: SrCl2, PEG400, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	SrCl2	1	1
2	PEG400	1	1
3	SrCl2	1	2
4	PEG400	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 2295 / Num. obs: 2295 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.9999	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 36.576 / SU ML: 0.27 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.448 / ESU R Free: 0.268 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2435	107	4.5 %	RANDOM
R_work	0.21761	-	-	-
obs	0.21893	2295	98.2 %	-
all	-	2295	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.58 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	406	5	0	411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	454
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.675	2.103	702
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.243	2.004	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.131	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.13	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.2	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.038	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.103	3	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.636	4.5	698
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.686 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.397	10
R_work	0.485	321

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.3632 Å / Origin y: 34.0787 Å / Origin z: 3.4322 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1016 Å²	-0.0043 Å²	-0.0339 Å²	-	0.0112 Å²	-0.0697 Å²	-	-	-0.0531 Å²
L	3.0028 °²	-1.4002 °²	-0.558 °²	-	3.6623 °²	1.3639 °²	-	-	4.6899 °²
S	0.0594 Å °	0.0117 Å °	-0.0194 Å °	0.0127 Å °	-0.0048 Å °	-0.476 Å °	0.5436 Å °	0.885 Å °	-0.0547 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 10	1 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	11 - 20	1 - 10
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C - G	101 - 105

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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