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万見
- PDB-1wv5: X-ray structure of the A-decamer GCGTATACGC with a single 2'-o-bu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wv5
タイトルX-ray structure of the A-decamer GCGTATACGC with a single 2'-o-butyl thymine in place of T6, Mg-form
要素5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'
キーワードDNA
機能・相同性DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharam, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Probing the influence of stereoelectronic effects on the biophysical properties of oligonucleotides: comprehensive analysis of the RNA affinity, nuclease resistance, and crystal ...タイトル: Probing the influence of stereoelectronic effects on the biophysical properties of oligonucleotides: comprehensive analysis of the RNA affinity, nuclease resistance, and crystal structure of ten 2'-O-ribonucleic acid modifications.
著者: Egli, M. / Minasov, G. / Tereshko, V. / Pallan, P.S. / Teplova, M. / Inamati, G.B. / Lesnik, E.A. / Owens, S.R. / Ross, B.S. / Prakash, T.P. / Manoharan, M.
履歴
登録2004年12月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'
B: 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2593
ポリマ－6,2342
非ポリマー241
水55831
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.435, 44.434, 69.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(2BT)P*AP*CP*GP*C)-3'


分子量: 3117.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.3
詳細: MGC2, PEG400, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGC211
2PEG40011
3MGC212
4PEG40012

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年12月24日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 3237 / Num. obs: 3237 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.9999精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 17.196 / SU ML: 0.187 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26025 144 4.3 %RANDOM
Rwork0.23674 ---
obs0.23788 3223 99.56 %-
all-3223 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.184 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å20 Å2
2--2.29 Å20 Å2
3----4.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 412 1 31 444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8172.102708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3552.004482
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1220.243
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2440.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.2108
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.222
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1360.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0910.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2330.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.4033655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9774.5704
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.303→2.426 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.414 23
Rwork0.368 439
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.1771 Å / Origin y: 34.9521 Å / Origin z: 3.2698 Å
111213212223313233
T-0.2289 Å20.0251 Å2-0.0337 Å2--0.2542 Å2-0.1043 Å2---0.1729 Å2
L3.5631 °2-0.2106 °2-0.9998 °2-4.2126 °2-0.9002 °2--4.6102 °2
S0.2838 Å °0.0029 Å °0.0622 Å °-0.0456 Å °-0.2138 Å °-0.5809 Å °0.2729 Å °0.2876 Å °-0.07 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 101 - 10
2X-RAY DIFFRACTION1BB11 - 201 - 10
3X-RAY DIFFRACTION1AC - D101 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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