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- PDB-1wtl: COMPARISON OF CRYSTAL STRUCTURES OF TWO HOMOLOGOUS PROTEINS: STRU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wtl
タイトルCOMPARISON OF CRYSTAL STRUCTURES OF TWO HOMOLOGOUS PROTEINS: STRUCTURAL ORIGIN OF ALTERED DOMAIN INTERACTIONS IN IMMUNOGLOBULIN LIGHT CHAIN DIMERS
要素BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNOGLOBULIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / immunoglobulin complex / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 1D-33 / Immunoglobulin kappa variable 1D-33
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Huang, D.B. / Chang, C.H. / Schiffer, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Comparison of crystal structures of two homologous proteins: structural origin of altered domain interactions in immunoglobulin light-chain dimers.
著者: Huang, D.B. / Chang, C.H. / Ainsworth, C. / Brunger, A.T. / Eulitz, M. / Solomon, A. / Stevens, F.J. / Schiffer, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1981
タイトル: Characterization and Preliminary Crystallographic Data on the Vl-Related Fragment of the Human Ki Bence-Jones Protein Wat
著者: Stevens, F.J. / Westholm, F.A. / Panagiotopoulos, N. / Schiffer, M. / Popp, R.A. / Solomon, A.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1975
タイトル: The Molecular Structure of a Dimer Composed of the Variable Portions of the Bence-Jones Protein Rei Refined at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Schiffer, M. / Epp, O. / Lattman, E.E. / Schiffer, M. / Huber, R. / Palm, W.
履歴
登録1994年6月8日処理サイト: BNL
改定 1.01994年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)
B: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4902
ポリマ－23,4902
非ポリマー00
水3,531196
1
A: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)
B: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)

A: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)
B: BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9804
ポリマ－46,9804
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565-x,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.250, 82.250, 61.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO A 8 / 2: CIS PROLINE - PRO A 95 / 3: CIS PROLINE - PRO B 8 / 4: CIS PROLINE - PRO B 95
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.58747, -0.30138, 0.75103), (-0.33404, -0.755, -0.56426), (0.73703, -0.58232, 0.34285)
ベクター: -15.707, 72.652, 39.204)

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要素

#1: 抗体 BENCE-JONES PROTEIN MCG (LIGHT CHAIN)


分子量: 11745.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P80362, UniProt: P01593*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
濃度: 20 % / 一般名: dextran

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROLSQ精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 1.9→10 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数
obs0.157 10320
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1650 0 0 196 1846
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0420.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.741
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.291.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.181.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.82
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1770.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1980.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2360.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.2090.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.73
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor23.513
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor18.120
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ/X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.157
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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