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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wtb | ||||||
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タイトル | Complex structure of the C-terminal RNA-binding domain of hnRNP D (AUF1) with telomere DNA | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / RNA-binding domain / DNA-binding domain / RRM / hnRNP D / AUF1 / Telomere / Complex / structural genomics / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() hepatocyte dedifferentiation / cellular response to putrescine / circadian regulation of translation / response to rapamycin / : / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / response to sodium phosphate / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization ...hepatocyte dedifferentiation / cellular response to putrescine / circadian regulation of translation / response to rapamycin / : / mCRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / response to sodium phosphate / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / positive regulation of cytoplasmic translation / RNA catabolic process / regulation of telomere maintenance / telomeric DNA binding / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / positive regulation of telomere capping / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / cellular response to nitric oxide / RNA processing / response to electrical stimulus / mRNA Splicing - Major Pathway / cerebellum development / liver development / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of translation / cellular response to amino acid stimulus / mRNA transcription by RNA polymerase II / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / response to calcium ion / regulation of gene expression / postsynaptic density / ribonucleoprotein complex / negative regulation of gene expression / glutamatergic synapse / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Enokizono, Y. / Konishi, Y. / Nagata, K. / Ouhashi, K. / Uesugi, S. / Ishikawa, F. / Katahira, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of hnRNP D complexed with single-stranded telomere DNA and unfolding of the quadruplex by heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D 著者: Enokizono, Y. / Konishi, Y. / Nagata, K. / Ouhashi, K. / Uesugi, S. / Ishikawa, F. / Katahira, M. #1: ![]() タイトル: Structure of the C-terminal RNA-binding domain of hnRNP D0 (AUF1), its interactions with RNA and DNA, and change in backbone dynamics upon complex formation with DNA 著者: Katahira, M. / Miyanoiri, Y. / Enokizono, Y. / Matsuda, G. / Nagata, T. / Ishikawa, F. / Uesugi, S. #2: ![]() タイトル: Structure and interactions with RNA of the N-terminal UUAG-specific RNA-binding domain of hnRNP D0 著者: Nagata, T. / Kurihara, Y. / Matsuda, G. / Saeki, J. / Kohno, T. / Yanagida, Y. / Ishikawa, F. / Uesugi, S. / Katahira, M. #3: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1993 タイトル: Nuclear proteins that bind the pre-mRNA 3' splice site sequence r(UUAG/G) and the human telomeric DNA sequence d(TTAGGG)n 著者: Ishikawa, F. / Matunis, M.J. / Dreyfuss, G. / Cech, T.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED | ||||||
Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 554.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 460.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 347.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 595.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 89.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 120.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 1230.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9103.628 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal RNA-binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and 3D heteronuclear techniques. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 | イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.0 / 圧: 1 atm / 温度: 288 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M |
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放射波長 | 相対比: 1 |
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |