PDB-1ws6: The Structure of Thermus thermphillus HB8 hypothetical protein TT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ws6

タイトル

The Structure of Thermus thermphillus HB8 hypothetical protein TTHA0928

要素

methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / STRUCTURAL GENOMICS / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA methylation / methyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Sasaki, C. / Sugiura, I. / Sugio, S. / Tamura, T. / Inagaki, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The structure of thermus thermphillus HB8 hypothetical protein TTHA0928
著者: Sasaki, C. / Sugiura, I. / Sugio, S. / Tamura, T. / Inagaki, K.

履歴

登録	2004年11月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ws6.cif.gz	42.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ws6.ent.gz	32.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ws6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ws6_validation.pdf.gz	417.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ws6_full_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示
XML形式データ	1ws6_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	1ws6_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/1ws6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/1ws6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dlw-d 3l8z-d 2igw-d 2quz-d 1zvq-d 1qnh-1 3v4f-d 1c5f-4 3qmm-2 4nli-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003001253.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: methyltransferase

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.76, 58.76, 101.66
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	methyltransferase / hypothetical protein TTHA0928 分子量: 18698.502 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-185 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) 参照: GenBank: 55772310, UniProt: Q5SJT0*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

methyltransferase / hypothetical protein TTHA0928

分子量: 18698.502 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 15-185 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3)
参照: GenBank: 55772310, UniProt: Q5SJT0*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.57 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: PEG 10000, potassium thiocyanate, pH 6.5, micro-batch, temperature 278K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 174 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL12B2 / 波長: 0.88, 0.9795, 0.9795, 1.03

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月18日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.88	1
2	0.9795	1
3	1.03	1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 7434 / Num. obs: 7434 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.077

反射シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.335 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
SOLVE	位相決定
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.283	413	-	random
R_work	0.218	-	-	-
all	0.222	7434	-	-
obs	0.222	7434	94.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: -0.037 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.02 Å²	0.438 Å²	0 Å²
2-	-	1.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.039 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1314	0	0	92	1406

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	0.2744
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	23.99
X-RAY DIFFRACTION	o_improper_angle_d	0.9547

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.59 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.27	38
R_work	0.2744	-
obs	-	680

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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