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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wro | ||||||
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タイトル | Metal Ion dependency of the antiterminator protein, HutP, for binding to the terminator region of hut mRNA- A structural basis | ||||||
![]() | Hut operon positive regulatory protein | ||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / HutP / Antitermination / L-histidine / metal ions / conformational change | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumarevel, T. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of the metal ion binding site in the anti-terminator protein, HutP, of Bacillus subtilis 著者: Kumarevel, T. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R. #1: ![]() タイトル: Structural basis of HutP-mediated anti-termination and roles of the Mg2+ ion and L-histidine ligand 著者: Kumarevel, T. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R. #2: ![]() タイトル: Crystal Structure of Activated HutP; An RNA Binding Protein that Regulates Transcription of the hut Operon in Bacillus subtilis 著者: Kumarevel, T. / Fujimoto, Z. / Karthe, P. / Oda, M. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R. #3: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2004 タイトル: Identification of important chemical groups of the hut mRNA for HutP interactions that regulate the hut operon in Bacillus subtilis 著者: Kumarevel, T. / Gopinath, S.C.B. / Nishikawa, S. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 471.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | the biological assembly is a hexamer generated from thr trimer in the asymmetric unit by the operation 1-x, -y, z (2_655) |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16101.357 Da / 分子数: 3 / 変異: V51I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BA / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: BaCl2, MPD, HEPES , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月19日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.978 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 20744 / Num. obs: 20744 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 29.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.384 / Num. unique all: 2026 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ID 1VEA 解像度: 2.35→19.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 1433303.8 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.7282 Å2 / ksol: 0.289893 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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