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万見
- PDB-1wrb: Crystal structure of the N-terminal RecA-like domain of DjVLGB, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wrb
タイトルCrystal structure of the N-terminal RecA-like domain of DjVLGB, a pranarian Vasa-like RNA helicase
要素DjVLGB
キーワードHYDROLASE / RNA HELICASE / DEAD BOX / VASA / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. ...Ded1/Dbp1, DEAD-box helicase domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dugesia japonica (ナミウズムシ（プラナリア）)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Kurimoto, K. / Muto, Y. / Obayashi, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Kigawa, T. ...Kurimoto, K. / Muto, Y. / Obayashi, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Kigawa, T. / Okumura, H. / Tanaka, A. / Shibata, N. / Kashikawa, M. / Agata, K. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2005
タイトル: Crystal structure of the N-terminal RecA-like domain of a DEAD-box RNA helicase, the Dugesia japonica vasa-like gene B protein
著者: Kurimoto, K. / Muto, Y. / Obayashi, N. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Yabuki, T. / Aoki, M. / Seki, E. / Matsuda, T. / Kigawa, T. / Okumura, H. / Tanaka, A. / Shibata, N. / Kashikawa, M. / Agata, K. / Yokoyama, S.
履歴
登録2004年10月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DjVLGB
B: DjVLGB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1644
ポリマ－56,9722
非ポリマー1922
水4,179232
1
A: DjVLGB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5822
ポリマ－28,4861
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: DjVLGB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5822
ポリマ－28,4861
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
A: DjVLGB
ヘテロ分子

B: DjVLGB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1644
ポリマ－56,9722
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_664-x+1,-y+1,z-1/21
Buried area3970 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area19640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.242, 138.242, 47.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 DjVLGB


分子量: 28485.807 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal RecA-like domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dugesia japonica (ナミウズムシ（プラナリア）)
解説: E.coli cell free system / 参照: UniProt: O97032
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月1日
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 18468 / Num. obs: 18468 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→50 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.2815 888
Rwork0.241 -
all-18409
obs-18409
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.4 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3646 0 10 232 3888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007097
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3583
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.82215
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.09288
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.5 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.3453 86
Rwork0.2539 -
obs-1931

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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