PDB-1wr2: Crystal structure of PH1788 from Pyrococcus horikoshii Ot3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wr2

タイトル

Crystal structure of PH1788 from Pyrococcus horikoshii Ot3

要素

hypothetical protein PH1789

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pyrococcus horikoshii / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of PH1788 from Pyrococcus horikoshii Ot3
著者: Sugahara, M. / Kunishima, N.

履歴

登録	2004年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wr2.cif.gz	60.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wr2.ent.gz	44.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wr2_validation.pdf.gz	421.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wr2_full_validation.pdf.gz	425.8 KB	表示
XML形式データ	1wr2_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	1wr2_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/1wr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ojq-d 1j88-1 3fgy-d 2ouk-4 6pgl-1 1j88-3 1j89-1 5v1v-d 4u02-2 3ec9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pho001001788.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (3) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: hypothetical protein PH1789

26.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.346, 60.643, 96.134
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hypothetical protein PH1789 分子量: 26875.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / 株: OT3 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O59452
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: JAM, pH 6.5, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1	2	1.07172
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1	3	1.008

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS V	1	IMAGE PLATE	2004年7月2日
RIGAKU JUPITER	2	CCD	2004年10月4日
RIGAKU JUPITER	3	CCD	2004年10月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.07172	1
3	1.008	1

反射

解像度: 2→40 Å / Num. all: 18934 / Num. obs: 18934 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 13.6

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 1852 / R_sym value: 0.647 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2→37.67 Å / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	923	-	random
R_work	0.228	-	-	-
all	0.228	18886	-	-
obs	0.228	18886	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.97 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.58 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.29 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.29 Å	0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→37.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1861	0	0	175	2036

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006

LS精密化シェル

解像度: 2→2.07 Å / R_factor R_free error: 0.031

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	86	-
R_work	0.3	-	-
obs	-	1719	97.5 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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