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- PDB-1wq9: Crystal structure of VR-1, a VEGF-F from a snake venom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wq9
タイトルCrystal structure of VR-1, a VEGF-F from a snake venom
要素(Vascular endothelial growth factor) x 2
キーワードTOXIN / Snake venom / Vascular endothelial growth factor / VEGF / VEGF-F
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / positive regulation of mast cell chemotaxis / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / growth factor activity / positive regulation of angiogenesis ...vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / positive regulation of mast cell chemotaxis / induction of positive chemotaxis / sprouting angiogenesis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / chemoattractant activity / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / growth factor activity / positive regulation of angiogenesis / toxin activity / response to hypoxia / positive regulation of protein phosphorylation / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...: / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Snake venom vascular endothelial growth factor toxin VR-1
類似検索 - 構成要素
生物種Daboia russellii russellii (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Suto, K. / Yamazaki, Y. / Morita, T. / Mizuno, H.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures of novel vascular endothelial growth factors (VEGF) from snake venoms: insight into selective VEGF binding to kinase insert domain-containing receptor but not to fms- ...タイトル: Crystal structures of novel vascular endothelial growth factors (VEGF) from snake venoms: insight into selective VEGF binding to kinase insert domain-containing receptor but not to fms-like tyrosine kinase-1.
著者: Suto, K. / Yamazaki, Y. / Morita, T. / Mizuno, H.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Snake venom vascular endothelial growth factors (VEGFs) exhibit potent activity through their specific recognition of KDR (VEGF receptor 2)
著者: Yamazaki, Y. / Takani, K. / Atoda, H. / Morita, T.
履歴
登録2004年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor
B: Vascular endothelial growth factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9132
ポリマ－21,9132
非ポリマー00
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.348, 48.961, 54.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The biological assembly is dimeric form in a asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor / VR-1 / VEGF-F


分子量: 10965.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii russellii (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: russellii / 参照: UniProt: P67861
#2: タンパク質 Vascular endothelial growth factor / VR-1 / VEGF-F


分子量: 10947.701 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Daboia russellii russellii (ヘビ) / Secretion: venom / 生物種: Daboia russellii / 株: russellii / 参照: UniProt: P67861
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG 6000, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory BL-18B11
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21.0722, 1.0715, 1.0925
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年11月6日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年1月17日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SILICON, GELMANIUMSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SILICONMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.07221
31.07151
41.09251
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 17004 / Num. obs: 15744 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.236 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 213927.09 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 747 4.9 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.206 15189 90.1 %-
all-17004 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.9868 Å2 / ksol: 0.325652 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.74 Å20 Å20 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----2.16 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1509 0 0 143 1652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it72.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 130 5.1 %
Rwork0.212 2439 -
obs--93.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2BUFFER.PARAMBUFFER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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