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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wq2 | |||||||||
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タイトル | Neutron Crystal Structure Of Dissimilatory Sulfite Reductase D (DsrD) | |||||||||
![]() | Protein dsvD | |||||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / neutron hydrogen hydration protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Dissimilatory sulphite reductase D / Dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 中性子回折 / ![]() | |||||||||
![]() | Chatake, T. / Mizuno, N. / Voordouw, G. / Higuchi, Y. / Arai, S. / Tanaka, I. / Niimura, N. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallization and preliminary neutron analysis of the dissimilatory sulfite reductase D (DsrD) protein from the sulfate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris. 著者: Chatake, T. / Mizuno, N. / Voordouw, G. / Higuchi, Y. / Arai, S. / Tanaka, I. / Niimura, N. #1: ジャーナル: J.Synchrotron Radiat. / 年: 2004 タイトル: Hydration structures in proteins and neutron diffraction experiment on dissimilatory sul te reductase D (DsrD) 著者: Chatake, T. / Ostermann, A. / Kurihara, K. / Parak, F.G. / Mizuno, N. / Voordouw, G. / Higuchi, Y. / Tanaka, I. / Niimura, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 62 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 355.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 355.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ucrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8841.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-DOD / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: deuterated ammoniu sulfate, deuterated Tris-HCl, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 波長: 2.88 Å |
検出器 | 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年5月5日 / 詳細: monochromator BIX-3 |
放射 | モノクロメーター: ellastically bent silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.88 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. all: 7572 / Num. obs: 7001 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1 / Rmerge(I) obs: 0.143 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 534 / % possible all: 82.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1UCR 解像度: 2.4→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.3 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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拘束条件 |
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