ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
CNS | 1.1 | 精密化 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データ削減 | CrystalClear | (MSC/RIGAKU)データスケーリング | CNS | | 位相決定 | | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→35.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1528633.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.292 | 1339 | 5 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.231 | - | - | - |
---|
all | 0.234 | 26939 | - | - |
---|
obs | 0.234 | 26939 | 100 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 60.7603 Å2 / ksol: 0.346477 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.6 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | -7.63 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 16.43 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -8.8 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.47 Å | 0.35 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.48 Å | 0.37 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→35.86 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 4067 | 0 | 44 | 170 | 4281 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.011 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.5 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.9 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d0.98 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it1.4 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it2.36 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.99 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it2.97 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.361 | 200 | 4.5 % |
---|
Rwork | 0.296 | 4218 | - |
---|
obs | - | - | 99.8 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | WATER_REP.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 3 | GOL.PARAM | X-RAY DIFFRACTION | 4 | PMS.PARAM | | | | | |
|
---|