PDB-1wpi: Solution NMR Structure of Protein YKR049C from Saccharomyces cere...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wpi

タイトル

Solution NMR Structure of Protein YKR049C from Saccharomyces cerevisiae. Ontario Centre for Structural Proteomics target YST0250_1_133; Northeast Structural Genomics Consortium YTYst250

要素

Hypothetical 15.6 kDa protein in NAP1-TRK2 intergenic region

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / OCSP / NESG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / Northeast Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of transport / 酸化還元酵素 / oxidoreductase activity / mitochondrion
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, CANDID method

データ登録者

Jung, J.W. / Yee, A. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: J.Biochem.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of YKR049C, a putative redox protein from Saccharomyces cerevisiae
著者: Jung, J.W. / Yee, A. / Wu, B. / Arrowsmith, C.H. / Lee, W.

履歴

登録	2004年9月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wpi.cif.gz	860 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wpi.ent.gz	714.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1wpi_validation.pdf.gz	345.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wpi_full_validation.pdf.gz	731.7 KB	表示
XML形式データ	1wpi_validation.xml.gz	133.7 KB	表示
CIF形式データ	1wpi_validation.cif.gz	174.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/1wpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wp/1wpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7c4i-d 6jzn-3 3agu-1 4lc2-d 5o5a-d 5o5f-d 5j0d-d 4xos-2 6ppa-d 4xos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: YTYst250

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hypothetical 15.6 kDa protein in NAP1-TRK2 intergenic region

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Hypothetical 15.6 kDa protein in NAP1-TRK2 intergenic region / YKR049C 分子量: 15672.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: ykr049c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36141

#1: タンパク質

Hypothetical 15.6 kDa protein in NAP1-TRK2 intergenic region / YKR049C

分子量: 15672.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ykr049c / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36141

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM YKR049C U-15M, 13C; 50mM phosphate buffer; 350mM NaCl, 1mM DTT 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0.35 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2
Bruker DMX	Bruker	DMX	800	3

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	1.0.6	Guentert	構造決定
NMRPipe	2.3	Delaglio	解析
XwinNMR	3.5		collection
Spakry	3.11	Goddard	データ解析
CYANA	1.0.6	Guentert	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, CANDID method / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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