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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wpg | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SR CA2+-ATPase with MGF4 | ||||||
![]() | Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / MEMBRANE PROTEIN / P-TYPE ATPASE / HAD FOLD / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity ...positive regulation of cardiac muscle cell contraction / positive regulation of calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / H zone / positive regulation of fast-twitch skeletal muscle fiber contraction / calcium ion import into sarcoplasmic reticulum / negative regulation of striated muscle contraction / regulation of striated muscle contraction / positive regulation of ATPase-coupled calcium transmembrane transporter activity / P-type Ca2+ transporter / P-type calcium transporter activity / I band / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / sarcoplasmic reticulum membrane / sarcoplasmic reticulum / intracellular calcium ion homeostasis / calcium ion transport / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Toyoshima, C. / Nomura, H. / Tsuda, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Lumenal gating mechanism revealed in calcium pump crystal structures with phosphate analogues 著者: Toyoshima, C. / Nomura, H. / Tsuda, T. #1: ジャーナル: Nature / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of the calcium pump of sarcoplasmic reticulum at 2.6 A resolution 著者: Toyoshima, C. / Nakasako, M. / Nomura, H. / Ogawa, H. #2: ジャーナル: Nature / 年: 2002 タイトル: Structural changes in the calcium pump accompanying the dissociation of calcium 著者: Toyoshima, C. / Nomura, H. #3: ![]() タイトル: Crystal structure of the calcium pump with a bound ATP analogue 著者: Toyoshima, C. / Mizutani, T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 784.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 639.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 943.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 88.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 109602.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 714分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MF4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/TG1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MF4.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/TG1.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NA / #4: 化合物 | ChemComp-MF4 / #5: 化合物 | ChemComp-ADP / #6: 化合物 | ChemComp-TG1 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | THE C-TERMINAL RESIDUES IN SWS ENTRY P04191 ARE FROM 994 TO 1001, DPEDERRK. IN ISOFORM SERCA1A, ...THE C-TERMINAL RESIDUES IN SWS ENTRY P04191 ARE FROM 994 TO 1001, DPEDERRK. IN ISOFORM SERCA1A, THERE IS ONLY ONE C-TERMINAL RESIDUE 994 G. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.17 % |
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結晶化 | 手法: microdialysis / pH: 6.1 / 詳細: PEG400, pH 6.10, MICRODIALYSIS |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 | モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE- CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 250560 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.07 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 25.14 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.4 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.432 / % possible all: 81.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3 CYTOPLASMIC DOMAINS OF CA2+-ATPASE IN 1FQU 解像度: 2.3→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 410979.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 43.47 Å2 / ksol: 0.328798 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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