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万見
- PDB-1wol: Crystal Structure of ST0689, an archaeal HEPN homologue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wol
タイトルCrystal Structure of ST0689, an archaeal HEPN homologue
要素122aa long conserved hypothetical protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / ALPHA HELIX / LOOP
機能・相同性
機能・相同性情報


HEPN domain profile. / Higher Eukarytoes and Prokaryotes Nucleotide-binding domain / HEPN domain / HEPN domain / Nucleotidyltransferases domain 2 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / HEPN domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Arakawa, T. / Akutsu, J. / Yohda, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure Analysis of ST0689, an archaeal HEPN protein
著者: Arakawa, T. / Akutsu, J. / Yohda, M.
履歴
登録2004年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 122aa long conserved hypothetical protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3313
ポリマ－14,1831
非ポリマー1482
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.553, 62.553, 64.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The biological assembly seems to be a monomer

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要素

#1: タンパク質 122aa long conserved hypothetical protein / ST0689


分子量: 14183.036 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: str. 7 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834, BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q974G3
#2: 化合物 ChemComp-TBU / TERTIARY-BUTYL ALCOHOL / 2-METHYL-2-PROPANOL / tert-ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: tert-butanol, citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9765, 0.97894, 0.97924
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97651
20.978941
30.979241
反射解像度: 1.62→50 Å / Biso Wilson estimate: 22.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.62→1.68 Å / Rsym value: 0.177 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.62→41.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 335259.04 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 3400 9.7 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.187 35163 98.6 %-
all-35646 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.7591 Å2 / ksol: 0.378148 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.62 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.04 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2 Å0.16 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.08 Å0.04 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→41.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数997 0 10 84 1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.041
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d3.02
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.881.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.782
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it42.5
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 555 9.7 %
Rwork0.209 5176 -
obs--96.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3T-BUTANOL.PARAMT-BUTANOL.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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