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万見
- PDB-1wnt: Structure of the tetrameric form of Human L-Xylulose Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wnt
タイトルStructure of the tetrameric form of Human L-Xylulose Reductase
要素L-xylulose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 7 stranded parallel beta sheets / 6 alpha helices / Rossmann fold / dinucleotide co-enzyme binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Essential pentosuria / L-xylulose reductase / L-xylulose reductase (NADPH) activity / xylulose metabolic process / Formation of xylulose-5-phosphate / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / carbonyl reductase (NADPH) activity / NADP metabolic process / D-xylose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor ...Essential pentosuria / L-xylulose reductase / L-xylulose reductase (NADPH) activity / xylulose metabolic process / Formation of xylulose-5-phosphate / D-glucuronate catabolic process to D-xylulose 5-phosphate / carbonyl reductase (NADPH) activity / NADP metabolic process / D-xylose metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / cytoplasmic microtubule / brush border / microvillus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / L-xylulose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者El-Kabbani, O. / Carbone, V. / Darmanin, C. / Ishikura, S. / Hara, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2005
タイトル: Structure of the tetrameric form of human L-Xylulose reductase: Probing the inhibitor-binding site with molecular modeling and site-directed mutagenesis
著者: El-Kabbani, O. / Carbone, V. / Darmanin, C. / Ishikura, S. / Hara, A.
履歴
登録2004年8月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年9月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: struct / struct_site
Item: _struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct.title / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-xylulose reductase
B: L-xylulose reductase
C: L-xylulose reductase
D: L-xylulose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,7388
ポリマ－103,7644
非ポリマー2,9744
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18510 Å2
ΔGint-123 kcal/mol
Surface area30190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.941, 59.960, 82.805
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 91.678, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
L-xylulose reductase / XR / Dicarbonyl/L-xylulose reductase / Kidney dicarbonyl reductase / kiDCR / Carbonyl reductase II ...XR / Dicarbonyl/L-xylulose reductase / Kidney dicarbonyl reductase / kiDCR / Carbonyl reductase II / Sperm surface protein P34H


分子量: 25941.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 組織: kidney / プラスミド: pRset / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q7Z4W1, L-xylulose reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, Sodium Citrate, Isopropanol, Urea, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Capillary optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 64193 / Num. obs: 32262 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.99 % / Rsym value: 0.09
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.98 / Rsym value: 0.346 / % possible all: 90.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: XR dimer (1PR9)

1pr9


解像度: 2.3→12 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2522 1598 RANDOM
Rwork0.2021 --
all0.3199 35115 -
obs0.2198 32262 -
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7260 0 192 146 7598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg1.286
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.0038

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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