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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wnr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Cpn10 from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | 10 kDa chaperonin | ||||||
キーワード | CHAPERONE / CO-Chaperonin / protein CPN10 / Groes / Thermus Thermophilus / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Numoto, N. / Kita, A. / Miki, K. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2005 タイトル: Crystal structure of the Co-chaperonin Cpn10 from Thermus thermophilus HB8 著者: Numoto, N. / Kita, A. / Miki, K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wnr.cif.gz | 112.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wnr.ent.gz | 90 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wnr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wnr_validation.pdf.gz | 407 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wnr_full_validation.pdf.gz | 419.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wnr_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wnr_validation.cif.gz | 18.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1hx5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10311.965 Da / 分子数: 7 / 断片: residues 1-94 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) プラスミド: pET-11a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P61493 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 300, potassium chloride, MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月17日 / 詳細: DOUBLE FOCUSING MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: ROTATED-INCLINED DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 22813 / Num. obs: 22805 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.2 % / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 39.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 12 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 1932 / Rsym value: 0.358 / % possible all: 84.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1HX5 解像度: 2.9→50 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2609897.53 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 34.6778 Å2 / ksol: 0.338752 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: PROTEIN.TOP |