PDB-1wnb: Escherichia coli YdcW gene product is a medium-chain aldehyde deh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wnb

タイトル

Escherichia coli YdcW gene product is a medium-chain aldehyde dehydrogenase (complexed with nadh and betaine aldehyde)

要素

Putative betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / NADH / flurorescence / kinetics

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lysine catabolic process / putrescine catabolic process / aminobutyraldehyde dehydrogenase / aminobutyraldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / NAD binding / protein homotetramerization / protein-containing complex / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gruez, A. / Roig-Zamboni, V. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure and Kinetics Identify Escherichia coli YdcW Gene Product as a Medium-chain Aldehyde Dehydrogenase
著者: Gruez, A. / Roig-Zamboni, V. / Grisel, S. / Salomoni, A. / Valencia, C. / Campanacci, V. / Tegoni, M. / Cambillau, C.

履歴

登録	2004年7月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2013年11月6日	Group: Non-polymer description
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wnb.cif.gz	374.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wnb.ent.gz	305 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wndC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6c43-1 1wnd-d 5izd-1 4dal-1 4dal-4 3n83-2 3n82-1 3n81-1 2vle-1 5l13-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (5) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (5) #102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

B: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

C: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

D: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

B: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

D: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

C: Putative betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
216 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.278, 168.895, 85.476
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	HIS	5	A	A	2 - 474	23 - 495
2	1	GLN	HIS	5	B	B	2 - 474	23 - 495
3	1	GLN	HIS	5	C	C	2 - 474	23 - 495
4	1	GLN	HIS	5	D	D	2 - 474	23 - 495
1	2	NAD	NAD	4	A	F	1001	1
2	2	NAD	NAD	4	B	G	2001	1
3	2	NAD	NAD	4	C	H	3001	1
4	2	NAD	NAD	4	D	I	4001	1

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative betaine aldehyde dehydrogenase / YdcW aldehyde dehydrogenase / BADH 分子量: 53409.586 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: pDEST / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P77674, betaine-aldehyde dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-BTL / BETAINE ALDEHYDE / [FORMYLMETHYL]TRIMETHYL-AMMONIUM / N,N,N-TRIMETHYL AMMONIUM ACETALDEHYDE / ベタインアルデヒド分子量: 102.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 831 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 289573 / Num. obs: 107590 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 2.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.213 Å² / R_merge(I) obs: 0.089
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.19	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.886 / SU B: 5.856 / SU ML: 0.151 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23853	8946	8.3 %	RANDOM
R_work	0.18195	-	-	-
all	0.18663	107534	-	-
obs	0.18663	98588	93.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.718 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.49 Å²	0 Å²	-0.46 Å²
2-	-	-1.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14300	0	183	831	15314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.021	14780
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.906	1.969	20108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.829	5	1892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	2280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11127
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	7162
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.216	0.2	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.436	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.466	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.765	1.5	9389
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.265	2	15008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.397	3	5391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.422	4.5	5100
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	3550	medium positional	0.17	0.5
1	2	B	3550	medium positional	0.17	0.5
1	3	C	3550	medium positional	0.16	0.5
1	4	D	3550	medium positional	0.16	0.5
2	1	A	44	medium positional	1.04	0.5
2	2	B	44	medium positional	0.9	0.5
2	3	C	44	medium positional	1.23	0.5
2	4	D	44	medium positional	2.19	0.5
1	1	A	3550	medium thermal	1.07	2
1	2	B	3550	medium thermal	1.14	2
1	3	C	3550	medium thermal	1.14	2
1	4	D	3550	medium thermal	1.1	2
2	1	A	44	medium thermal	1.53	2
2	2	B	44	medium thermal	1.29	2
2	3	C	44	medium thermal	1.63	2
2	4	D	44	medium thermal	1.73	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.242	604
R_work	0.182	6457

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1335	0.0236	-0.0433	0.327	0.0258	0.6164	0.0086	-0.0364	0.1063	0.052	0.0254	-0.0442	-0.2226	0.1264	-0.034	0.0656	-0.0365	0.0395	0.1669	-0.0306	0.1329	65.515	84.36	63.883
2	0.1593	0.0929	0.067	0.4077	0.0025	0.4681	0.014	-0.0266	-0.0746	0.0604	0.0019	0.0211	0.1861	-0.0189	-0.0159	0.0546	0.0022	0.0094	0.1307	-0.0094	0.1185	48.353	39.143	60.817
3	0.1351	-0.1069	-0.0117	0.4155	-0.1584	0.6989	0.0229	-0.0047	0.0551	-0.0259	-0.001	0.1066	-0.1137	-0.1117	-0.022	0.0125	0.0147	0.035	0.1228	-0.0029	0.1167	38.315	78.808	41.198
4	0.2291	-0.1014	0.0257	0.3097	0.0187	0.4553	0.014	0.0323	-0.078	-0.0547	-0.0139	-0.0882	0.1324	0.1981	0	0.0503	0.013	0.0037	0.1845	-0.0202	0.1458	75.467	47.976	38.864

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 474	22 - 495
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 474	22 - 495
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 474	22 - 495
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 474	22 - 495

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関連情報:EMDBヘッダ

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