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- PDB-1wn3: Crystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wn3
タイトルCrystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8
要素phenylacetic acid degradation protein PaaI
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Thioesterase / Hot dog fold / Phenylacetic acid degradation / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
Phenylacetic acid degradation protein PaaD / : / Phenylacetic acid degradation-related domain / Thioesterase domain / Thioesterase superfamily / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / HEXANOYL-COENZYME A / Phenylacetic acid degradation protein PaaI
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kunishima, N. / Sugahara, M. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Novel Induced-fit Reaction Mechanism of Asymmetric Hot Dog Thioesterase PaaI
著者: Kunishima, N. / Asada, Y. / Sugahara, M. / Ishijima, J. / Nodake, Y. / Sugahara, M. / Miyano, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Sugahara, M.
履歴
登録2004年7月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: phenylacetic acid degradation protein PaaI
B: phenylacetic acid degradation protein PaaI
C: phenylacetic acid degradation protein PaaI
D: phenylacetic acid degradation protein PaaI
E: phenylacetic acid degradation protein PaaI
F: phenylacetic acid degradation protein PaaI
G: phenylacetic acid degradation protein PaaI
H: phenylacetic acid degradation protein PaaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,83415
ポリマ－114,2428
非ポリマー3,5937
水9,980554
1
A: phenylacetic acid degradation protein PaaI
B: phenylacetic acid degradation protein PaaI
C: phenylacetic acid degradation protein PaaI
D: phenylacetic acid degradation protein PaaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8887
ポリマ－57,1214
非ポリマー1,7673
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10720 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area16590 Å2
手法PISA
2
E: phenylacetic acid degradation protein PaaI
F: phenylacetic acid degradation protein PaaI
G: phenylacetic acid degradation protein PaaI
H: phenylacetic acid degradation protein PaaI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9478
ポリマ－57,1214
非ポリマー1,8264
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10910 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.055, 82.454, 59.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a tetramer for instance composed of A, B, C and D subunits in the asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
phenylacetic acid degradation protein PaaI / PaaI protein


分子量: 14280.224 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJP3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA


分子量: 865.677 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46N7O17P3S
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microdialysis / pH: 5.2
詳細: Isopropanol, hexanoyl-CoA, acetate-NaOH, pH 5.2, MICRODIALYSIS, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
130.0 mg/mlprotein11
250 mM11NaCl
32.5 mMhexanoyl-CoA12
413.8 %isopropanol12
50.1 Macetate-NaOH12pH5.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月20日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 48737 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 25.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 冗長度: 5 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
HKL-2000データ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1WLV

1wlv


解像度: 2.1→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 2451 5 %random
Rwork0.18 ---
obs0.18 48737 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.4485 Å2 / ksol: 0.382277 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å21.57 Å2
2---2.03 Å20 Å2
3---2.24 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.2 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6951 0 226 554 7731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 225 5 %
Rwork0.233 4315 -
obs--92.8 %
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.962
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.372.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Num. reflection Rwork: 4540 / Rfactor obs: 0.233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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