PDB-1wn3: Crystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wn3

タイトル

Crystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8

要素

phenylacetic acid degradation protein PaaI

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Thioesterase / Hot dog fold / Phenylacetic acid degradation / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kunishima, N. / Sugahara, M. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Novel Induced-fit Reaction Mechanism of Asymmetric Hot Dog Thioesterase PaaI
著者: Kunishima, N. / Asada, Y. / Sugahara, M. / Ishijima, J. / Nodake, Y. / Sugahara, M. / Miyano, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Sugahara, M.

履歴

登録	2004年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wn3.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wn3.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wn3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wn3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wn3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	1wn3_validation.xml.gz	43.1 KB	表示
CIF形式データ	1wn3_validation.cif.gz	59.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wn3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/1wn3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j1yC 1wluC 1wlvSC 1wm6C C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1wm6-2 1j1y-1 1wlu-1 1wm6-1 5o5m-d 2yg1-1 4xnn-2 4xnn-1 2g84-d 1v5x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000310.5

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: phenylacetic acid degradation protein PaaI

B: phenylacetic acid degradation protein PaaI

C: phenylacetic acid degradation protein PaaI

D: phenylacetic acid degradation protein PaaI

E: phenylacetic acid degradation protein PaaI

F: phenylacetic acid degradation protein PaaI

G: phenylacetic acid degradation protein PaaI

H: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

118 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: phenylacetic acid degradation protein PaaI

B: phenylacetic acid degradation protein PaaI

C: phenylacetic acid degradation protein PaaI

D: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: phenylacetic acid degradation protein PaaI

F: phenylacetic acid degradation protein PaaI

G: phenylacetic acid degradation protein PaaI

H: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.055, 82.454, 59.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.49, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is a tetramer for instance composed of A, B, C and D subunits in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	phenylacetic acid degradation protein PaaI / PaaI protein 分子量: 14280.224 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJP3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-HXC / HEXANOYL-COENZYME A / ヘキサノイルCoA 分子量: 865.677 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₄₆N₇O₁₇P₃S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 554 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.6 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: microdialysis / pH: 5.2
詳細: Isopropanol, hexanoyl-CoA, acetate-NaOH, pH 5.2, MICRODIALYSIS, temperature 295.0K

結晶化

*PLUS

温度: 22 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	30.0 mg/ml	protein	1	1
2	50 mM		1	1	NaCl
3	2.5 mM	hexanoyl-CoA	1	2
4	13.8 %	isopropanol	1	2
5	0.1 M	acetate-NaOH	1	2		pH5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月20日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 48737 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 25.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100
反射	PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 冗長度*: 5 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs*: 3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
HKL-2000	データ収集
SCALEPACK	データスケーリング
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1WLV

1wlv

解像度: 2.1→30 Å / R_factor R_free error: 0.004 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.209	2451	5 %	random
R_work	0.18	-	-	-
obs	0.18	48737	99.6 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 66.4485 Å² / k_sol: 0.382277 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.5 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	0 Å²	1.57 Å²
2-	-	-2.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.24 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.2 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.24 Å	0.18 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6951	0	226	554	7731

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	2.6
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.28	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.29	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.37	2.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.18 Å / R_factor R_free error: 0.019 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.281	225	5 %
R_work	0.233	4315	-
obs	-	-	92.8 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.1 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.18 / R_factor R_work: 0.18

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	2.6
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.28	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.29	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.96	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.37	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

Num. reflection R_work: 4540 / R_factor obs: 0.233

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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