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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wn2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of project ID PH1539 from Pyrococcus horikoshii OT3 | ||||||
![]() | Peptidyl-tRNA hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of anoikis / peptidyl-tRNA hydrolase / aminoacyl-tRNA hydrolase activity / negative regulation of anoikis / translation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shimizu, K. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of peptidyl-tRNA hydrolase 2 from Pyrococcus horikoshii OT3: insight into the functional role of its dimeric state. 著者: Shimizu, K. / Kuroishi, C. / Sugahara, M. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 41.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 27.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a dimer generated by the operation y, x, -z. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13398.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-NA / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbach / pH: 9.2 詳細: PEG 20k 16.5w/v(%), Ches 0.1M, pH 9.2, Microbach, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月19日 / 詳細: Mirror |
放射 | モノクロメーター: Mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→40 Å / Num. all: 34325 / Num. obs: 34325 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.98 % / Biso Wilson estimate: 9.619 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 15.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.24 Å / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Rsym value: 0.319 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RLK 解像度: 1.2→35.12 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1255981.35 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.6483 Å2 / ksol: 0.445271 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.4 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→35.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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