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- PDB-1wmz: Crystal Structure of C-type Lectin CEL-I complexed with N-acetyl-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wmz
タイトルCrystal Structure of C-type Lectin CEL-I complexed with N-acetyl-D-galactosamine
要素lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / C-type Lectin / N-acetylgalactosamine / Invertebrate
機能・相同性
機能・相同性情報


CEL-1-like C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...CEL-1-like C-type lectin-like domain / : / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
類似検索 - 構成要素
生物種Cucumaria echinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sugawara, H. / Kusunoki, M. / Kurisu, G. / Fujimoto, T. / Aoyagi, H. / Hatakeyama, T.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Characteristic Recognition of N-Acetylgalactosamine by an Invertebrate C-type Lectin, CEL-I, Revealed by X-ray Crystallographic Analysis
著者: Sugawara, H. / Kusunoki, M. / Kurisu, G. / Fujimoto, T. / Aoyagi, H. / Hatakeyama, T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Study of an Invertebrate C-type Lectin, CEL-I, from the marine invertebrate Cucumaria echinata
著者: Hatakeyama, T. / Matsuo, N. / Aoyagi, H. / Sugawara, H. / Uchida, T. / Kurisu, G. / Kusunoki, M.
履歴
登録2004年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
B: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
C: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
D: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,55120
ポリマ－64,1854
非ポリマー1,36616
水7,206400
1
A: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
B: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,77510
ポリマ－32,0932
非ポリマー6838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
2
C: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
D: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,77510
ポリマ－32,0932
非ポリマー6838
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area12680 Å2
手法PISA
3
A: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
B: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
ヘテロ分子

C: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
D: lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,55120
ポリマ－64,1854
非ポリマー1,36616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area25080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.580, 52.240, 136.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
lectin CEL-I, N-acetyl-D-galactosamine-specific C-type / C-type Lectin CEL-I


分子量: 16046.261 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cucumaria echinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q7M462
#2: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 60% 2-methyl-2,4-pentanediol, 1mM N-acetyl-D-galactosamine, 10mM calcium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年9月10日 / 詳細: Confocal Multilayer
放射モノクロメーター: Confocal Multilayer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→141.4 Å / Num. all: 59176 / Num. obs: 59176 / % possible obs: 96.3 %
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / % possible all: 84.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→33.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.768 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.098 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18644 3012 5.1 %RANDOM
Rwork0.15812 ---
all0.15958 59176 --
obs0.15958 59176 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.388 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→33.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4536 0 72 400 5008
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0214754
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6051.8856484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92638544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2735556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.025536
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.021084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2550.24311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22442
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1410.2256
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1340.219
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1770.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3390.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1880.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8981.52760
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53424372
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34231994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5264.52112
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 161
Rwork0.198 3293

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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