PDB-1wmm: Crystal structure of PH1033 from Pyrococcus horikoshii Ot3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wmm

タイトル

Crystal structure of PH1033 from Pyrococcus horikoshii Ot3

要素

Hypothetical UPF0310 protein PH1033

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Pyrococcus horikoshii / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics

機能・相同性

Uncharacterised protein family UPF0310 / EVE domain / EVE domain / ph1033 like fold / ph1033 like domains / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta / UPF0310 protein PH1033

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus horikoshii (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sugahara, M. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Nucleant-mediated protein crystallization with the application of microporous synthetic zeolites.
著者: Sugahara, M. / Asada, Y. / Morikawa, Y. / Kageyama, Y. / Kunishima, N.

履歴

登録	2004年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wmm.cif.gz	42.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wmm.ent.gz	29.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wmm_validation.pdf.gz	419.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wmm_full_validation.pdf.gz	422.1 KB	表示
XML形式データ	1wmm_validation.xml.gz	7.9 KB	表示
CIF形式データ	1wmm_validation.cif.gz	10 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/1wmm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2dpnC 2hd9C 2zbnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wo2-4 2d0w-1 2zbn-d 7btg-d 2ywd-d 7i1b-d 3bx8-5 3wo2-3 4fpw-2 6kv2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: pho001001033.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hypothetical UPF0310 protein PH1033

17.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.694, 95.694, 44.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

詳細

The biological assembly is a monomer in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	Hypothetical UPF0310 protein PH1033 分子量: 17464.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌) / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O58764
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.7 / 詳細: PEG4K, pH 5.7, microbatch, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1	1	1
シンクロトロン	SPring-8	BL26B1	2	1.0079,1.0088,0.9900

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
RIGAKU RAXIS V	1	IMAGE PLATE	2004年4月9日
RIGAKU JUPITER	2	CCD	2004年4月3日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.0079	1
3	1.0088	1
4	0.99	1

反射

解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 12147 / Num. obs: 12147 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 12.3

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 1172 / R_sym value: 0.361 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→32.48 Å / Isotropic thermal model: Anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	582	-	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.232	12079	100 %	-
all	-	12079	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-12.22 Å²	-2.58 Å²	0 Å²
2-	-	-12.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	24.45 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.36 Å	0.32 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.38 Å	0.37 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1212	0	0	45	1257

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.007

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / R_factor R_free error: 0.05

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	43	-
R_work	0.338	-	-
obs	-	1142	100 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)