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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1wlz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DJBP fragment which was obtained by limited proteolysis | ||||||
要素 | CAP-binding protein complex interacting protein 1 isoform a | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / EF-hand like | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 単一同系置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Honbou, K. / Suzuki, N. / Horiuchi, M. / Taira, T. / Niki, T. / Ariga, H. / Inagaki, F. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of DJBP Fragment which was obtained by Limited Proteolysis 著者: Honbou, K. / Suzuki, N. / Horiuchi, M. / Taira, T. / Niki, T. / Ariga, H. / Inagaki, F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1wlz.cif.gz | 90 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1wlz.ent.gz | 67.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1wlz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1wlz_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1wlz_full_validation.pdf.gz | 449.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1wlz_validation.xml.gz | 20 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1wlz_validation.cif.gz | 29.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12062.537 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 229-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX-6P-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H5C4, UniProt: Q5THR3*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30% PEG MME 2000, 0.1M Na Acetate pH 4.6, 0.2M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月30日 |
放射 | モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 51566 / Num. obs: 51566 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散, 単一同系置換 解像度: 1.6→19.95 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 455686.28 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 49.872 Å2 / ksol: 0.377187 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→19.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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