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- PDB-1wlg: Crystal structure of FlgE31, a major fragment of the hook protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1wlg
タイトルCrystal structure of FlgE31, a major fragment of the hook protein
要素Flagellar hook protein flgE
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / EAR-& motif
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum hook / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum / cytosol
類似検索 - 分子機能
Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. ...Flagellar hook protein FlgE / Flagellar hook protein FlgE superfamily / Flagellar hook protein FlgE / Flagellar basal body protein FlaE D2 domain / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G / Flagellar hook-basal body protein, FlgE/F/G-like / : / Flagellar hook protein FlgE/F/G D1 domain / Flagellar basal body rod protein, conserved site / Flagella basal body rod proteins signature. / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Flagellar basal body rod protein, N-terminal / Flagellar basal-body/hook protein, C-terminal domain / Flagella basal body rod protein / Flagellar basal body rod FlgEFG protein C-terminal / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Flagellar hook protein FlgE
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Samatey, F.A. / Matsunami, H. / Imada, K. / Nagashima, S. / Shaikh, T.R. / Thomas, D.R. / DeRosier, D.J. / Kitao, A. / Namba, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Structure of the bacterial flagellar hook and implication for the molecular universal joint mechanism.
著者: Fadel A Samatey / Hideyuki Matsunami / Katsumi Imada / Shigehiro Nagashima / Tanvir R Shaikh / Dennis R Thomas / James Z Chen / David J Derosier / Akio Kitao / Keiichi Namba /
要旨: The bacterial flagellum is a motile organelle, and the flagellar hook is a short, highly curved tubular structure that connects the flagellar motor to the long filament acting as a helical propeller. ...The bacterial flagellum is a motile organelle, and the flagellar hook is a short, highly curved tubular structure that connects the flagellar motor to the long filament acting as a helical propeller. The hook is made of about 120 copies of a single protein, FlgE, and its function as a nano-sized universal joint is essential for dynamic and efficient bacterial motility and taxis. It transmits the motor torque to the helical propeller over a wide range of its orientation for swimming and tumbling. Here we report a partial atomic model of the hook obtained by X-ray crystallography of FlgE31, a major proteolytic fragment of FlgE lacking unfolded terminal regions, and by electron cryomicroscopy and three-dimensional helical image reconstruction of the hook. The model reveals the intricate molecular interactions and a plausible switching mechanism for the hook to be flexible in bending but rigid against twisting for its universal joint function.
履歴
登録2004年6月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32014年4月16日Group: Other
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellar hook protein flgE
B: Flagellar hook protein flgE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6702
ポリマ－62,6702
非ポリマー00
水13,529751
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.714, 49.034, 96.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-666-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Flagellar hook protein flgE


分子量: 31335.084 Da / 分子数: 2 / 断片: FlgE31 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1J1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG 2000, copper acetate, cacodylate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2001年6月27日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 3.112 / SU ML: 0.095 / σ(F): 2 / ESU R: 0.138 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24153 2853 5.1 %RANDOM
Rwork0.19024 ---
all0.19285 71019 --
obs0.19285 53290 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4312 0 0 751 5063
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.9265986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82838706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7275584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2692
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025088
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02794
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.2857
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2580.24469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22657
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2553
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3120.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.280.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3540.247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8961.52894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67224648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51831492
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1254.51338
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.304 185
Rwork0.248 3573

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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